针对您提出的“建设单位超进度支付工程款怎么处理”的问题，这是一个涉及工程管理、合同执行及法律风险的重要议题。以下是我为您提供的详细、有条理的解决方案：

一、确认超付原因与金额

首先，建设单位需要细致审查导致超进度支付的具体原因。这可能包括但不限于计算错误、合同条款理解偏差、工程进度评估不准确、沟通不畅或内部管理疏漏等。同时，要精确计算超付的具体金额，这是后续处理的基础和关键。

二、与施工方友好协商

在确认超付情况后，建设单位应首先尝试与施工方进行友好协商。可以明确提出超付的事实，并要求施工方退还超付款项。如果施工方同意退还，双方应签订书面协议，明确退款金额、时间、方式等细节，以避免后续纠纷。若施工方提出以其他应付款项抵付，也需在书面协议中明确记录。

三、收集证据并咨询法律意见

如果协商无果，或者建设单位认为有必要采取更正式的措施，那么应开始全面收集与超付相关的所有证据。这包括但不限于合同、付款记录、发票、往来函件、工程进度报告等。同时，及时咨询专业律师，了解自身权益、可能的法律途径及诉讼风险，为后续行动做好充分准备。

四、采取法律途径解决

在咨询法律意见后，如果认为有必要，建设单位可以向施工方发送催款函，明确要求退还款项，并告知逾期不退将采取的进一步措施。如果施工方仍然拒绝退还，建设单位可以根据合同约定或法律规定，选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在此过程中，务必准备充分的证据支持自己的主张，并注意诉讼时效问题。

五、考虑第三方机构调停或商事裁定

如果双方协商及法律途径均难以解决问题，建设单位还可以考虑寻求第三方机构的调停帮助。这些机构通常具有中立性和专业性，能够帮助双方找到合理的解决方案。另外，也可以通过商事裁定机构进行裁定，以获取具有法律效力的裁决结果。

六、加强内部管理，防止类似问题再次发生

最后，建设单位应深刻反思超进度支付工程款的问题，加强内部管理。这包括完善工程款支付的管理和监督流程，确保审批环节的严谨性；定期对财务人员进行业务培训和风险意识教育，提高其专业素养和责任心；以及建立有效的沟通机制，确保与施工方的信息畅通无阻。

在处理超进度支付工程款的问题时，建设单位务必保持冷静和理性，遵循法律程序和要求，不要试图通过非法手段解决问题。同时，要妥善保管所有相关证据，确保其真实性和完整性，以备后续使用。通过综合考虑多种因素并采取相应措施，建设单位可以有效维护自身权益并防止类似问题再次发生。