农业合作社在非基本农田上搭建仓库是否合法，需根据土地性质、规划用途及是否履行合法审批手续来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、土地性质与规划用途
非基本农田的界定：
- 非基本农田通常指的是除基本农田以外的其他农用地或建设用地。基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，用于保障国家粮食安全和重要农产品供给。
- 若仓库搭建在非基本农田的农用地上（如一般耕地、林地等），则需进一步考虑该土地的规划用途。
规划用途的考量：
- 根据《土地管理法》及相关规定，农用地转为建设用地需经过严格的审批程序，并符合土地利用总体规划和城乡规划。
- 若非基本农田的土地规划用途为农用地，且未经过合法程序转为建设用地，则在此类土地上搭建仓库可能构成违法用地行为。
二、合法审批手续
审批流程：
- 农业合作社若计划在非基本农田上搭建仓库，应首先向当地国土资源部门咨询土地性质及规划用途，并了解是否需要办理农用地转用审批手续。
- 若需办理审批手续，应按照规定的程序和要求提交申请材料，包括项目可行性研究报告、土地利用规划图、环境影响评价报告等。
审批结果的影响：
- 若审批通过，农业合作社可依法在指定地块上搭建仓库，并需按照审批要求进行建设和管理。
- 若审批未通过或未办理审批手续，则在此类土地上搭建仓库将构成违法用地行为，可能面临责令拆除、罚款等法律后果。
三、特殊情况与例外
设施农用地的认定：
- 根据相关规定，直接用于或者服务于农业生产，与农业生产直接关联的设施农用地（如仓库、农机房等）可能无需办理农用地转用审批手续，但需符合设施农用地的管理要求。
- 然而，设施农用地的认定需满足一定条件，如土地用途、建设规模、使用期限等，且需经过当地国土资源部门的备案或审批。
地方政策与规定：
- 不同地区可能对农业合作社在非基本农田上搭建仓库有不同的政策规定和审批要求。
- 因此，农业合作社在搭建仓库前，应详细了解当地的相关政策规定，并按照要求办理相关手续。
四、法律建议
咨询当地国土资源部门：
- 在搭建仓库前，农业合作社应咨询当地国土资源部门，了解土地性质、规划用途及是否需要办理审批手续。
依法办理审批手续：
- 若需办理审批手续，农业合作社应按照规定的程序和要求提交申请材料，并积极配合相关部门的审批工作。
遵守相关法律法规：
- 在搭建仓库过程中，农业合作社应遵守相关法律法规和规定，确保建设活动的合法性和合规性。
及时咨询专业律师：
- 若在搭建仓库过程中遇到法律问题或纠纷，农业合作社应及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。
总结来说，农业合作社在非基本农田上搭建仓库的合法性取决于土地性质、规划用途及是否履行合法审批手续。为确保建设活动的合法性和合规性，建议农业合作社在搭建仓库前详细了解当地的相关政策规定，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。