若行政机关存在以环保罚款代替关闭企业的违法行为，企业可以通过行政复议、行政诉讼等途径维权，法律依据主要包括《行政处罚法》《行政强制法》《环境保护法》等相关规定。具体分析如下：
行政复议途径
- 申请主体与对象：企业作为行政相对人，若认为行政机关以罚款代替应作出的关闭企业决定这一行政行为违法，侵犯其合法权益，可向有管辖权的行政复议机关（通常是作出该行政行为行政机关的上一级主管部门或者本级人民政府）提出行政复议申请。
- 法律依据：根据《行政复议法》第六条规定，对行政机关作出的关于确认自然资源所有权或者使用权的决定、征收财物、罚款等行政处罚决定不服的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议。行政机关以罚款代替关闭企业，属于违法行使行政处罚权，企业有权申请行政复议。
- 复议请求：在复议申请中，企业可以请求复议机关撤销该违法的行政行为，确认行政机关以罚款代替关闭企业的做法违法，并可要求行政机关承担相应的法律责任，如返还已缴纳的不当罚款等。
行政诉讼途径
- 起诉条件与对象：企业认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益，符合《行政诉讼法》规定的起诉条件的，可以向人民法院提起行政诉讼。被告为作出以罚款代替关闭企业这一违法行政行为的行政机关。
- 法律依据：《行政诉讼法》第二条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。第十二条规定，对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的诉讼。行政机关以罚款代替关闭企业，属于违法实施行政处罚，企业有权提起行政诉讼。
- 诉讼请求：在行政诉讼中，企业可以请求法院判决撤销行政机关以罚款代替关闭企业的行政行为，确认该行为违法，并可要求行政机关赔偿因违法行政行为给企业造成的损失，如因继续生产而额外支出的成本、可能面临的后续处罚风险带来的损失等。
其他维权方式
- 投诉举报：企业可以向纪检监察机关、上级行政机关等投诉举报行政机关的违法行政行为。纪检监察机关有权对行政机关及其工作人员的违法违纪行为进行查处；上级行政机关可以对下级行政机关的违法行政行为进行监督和纠正。
- 法律依据：根据《行政机关公务员处分条例》等相关规定，行政机关公务员违法违纪，应当承担纪律责任的，依照本条例给予处分。企业通过投诉举报，促使相关部门对违法行政人员进行查处，从源头上纠正违法行政行为。
企业在维权过程中，要注意收集和保存相关证据，如行政机关作出的罚款决定书、相关通知文件、企业因该行政行为受到损失的证明材料等，以便在行政复议或行政诉讼中支持自己的主张。如果企业在维权过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。