结论：旷工罚1000元是否合法，需结合公司规章制度的合法性、罚款金额的合理性及员工行为等多个因素综合判断。若公司规章制度未经法定程序制定，或罚款金额过高、不合理，则该罚款不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、用人单位的处罚权
无直接罚款权：
- 用人单位作为民事主体，并不具备行政处罚权。罚款本质上属于行政处罚，只能由行政机关或法律授权的组织行使。因此，从这一角度看，用人单位直接对员工进行高额罚款（如1000元）是不合法的。
规章制度制定权：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位有权制定劳动纪律和规章制度，并对违反规定的员工进行处罚。但处罚必须合理且符合法律规定，不能随意设定。
二、规章制度的合法性与合理性
制定程序：
- 公司规章制度的制定应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。未经此程序制定的规章制度，对员工不具有约束力。
内容要求：
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应合理适当。罚款作为一种处罚方式，应在规章制度中有明确规定，并且罚款金额应与员工的过错程度相适应。
三、罚款金额的限制
合理性：
- 罚款金额应合理，不能过高以至于严重影响员工的基本生活。如果罚款金额明显不合理，如过高或未与员工过错程度相匹配，则该罚款规定可能不具有法律效力。以普通劳动者日薪200-300元为例，1000元罚款相当于其3-5倍日收入，惩戒力度明显失当。
法定上限：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，即使员工因不当行为被罚款，罚款金额也不能超过其当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。具体计算公式为：当月可扣除罚款金额上限 = 当月工资 × 20%。例如，若员工当月工资为5000元，则最高可扣除罚款金额为1000元，但扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
四、员工权益保护
沟通协商：
- 员工若遭遇不合理罚款，首先应与用人单位进行沟通协商，要求退还罚款或调整罚款金额。
法律途径：
- 协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。在投诉或仲裁过程中，员工应提供充分证据来证明罚款的不合理性或违法性。
五、企业管理建议
替代性管理措施：
- 建立阶梯式考勤奖惩机制，例如首次旷工警告、二次扣除绩效奖金、三次以上解除劳动合同。
- 通过优化排班制度、设置调休缓冲期等方式减少非必要旷工。
合规化制度建设：
- 制定规章制度时应经民主公示程序，确保内容合法且符合行业惯例。
- 将“罚款”表述调整为“绩效扣减”，明确扣款与考勤挂钩的计算方式，避免法律风险。
总结：旷工罚1000元是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、罚款金额的合理性及员工行为等多个因素。若规章制度未经法定程序制定，或罚款金额过高、不合理，则该罚款不合法。员工在面对不合理罚款时，应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。