在两个自然人合作销售侵权商品的情况下，行政处罚时货值金额的区分主要依据各自在侵权行为中的参与程度、贡献大小以及实际控制的侵权商品数量等因素进行综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 共同侵权与各自责任：

   • 若两个自然人构成共同侵权，即他们共同实施了销售侵权商品的行为，且该行为具有整体性和不可分割性，那么行政处罚时可能将两人视为一个整体，对总的货值金额进行处罚。但在此情况下，行政机关或司法机关仍会考虑各自在侵权行为中的具体作用，如谁负责进货、谁负责销售等，以便在内部责任划分时有所依据。
   • 若两人虽合作销售侵权商品，但各自的行为相对独立，能够明确区分各自销售的侵权商品数量或金额，那么行政处罚时可能会分别计算各自的货值金额，并据此分别进行处罚。

2. 货值金额的计算方法：

   • 货值金额通常按照侵权商品的实际销售价格计算；没有销售价格的，按照被侵权商品的市场中间价格计算。这是行政处罚中计算货值金额的基本原则。
   • 在合作销售侵权商品的情况下，如果两人共同控制侵权商品，且无法明确区分各自销售的商品数量或金额，那么行政机关可能会根据两人共同控制的侵权商品总数，结合上述计算方法，得出总的货值金额，并据此进行处罚。但如前所述，内部责任划分时仍会考虑各自的具体作用。

3. 行政处罚的考量因素：

   • 行政机关在作出行政处罚决定时，除了考虑货值金额外，还会综合考虑侵权行为的性质、情节、社会危害程度以及两人的主观过错等因素。
   • 如果两人在侵权行为中的主观过错程度不同，如一人明知是侵权商品而销售，另一人则因疏忽大意而销售，那么行政机关在处罚时可能会对前者从重处罚，对后者从轻或减轻处罚。

4. 法律建议：

   • 对于合作销售侵权商品的两个自然人来说，为了避免行政处罚时的货值金额区分问题，建议明确各自在合作中的职责和权限，尽量保持行为的独立性，以便在发生侵权行为时能够明确各自的责任。
   • 如果已经发生了侵权行为，并面临行政处罚，建议积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和信息，以便行政机关能够准确计算货值金额并作出公正的处罚决定。

在实际操作中，行政机关会根据具体案情和证据情况，综合运用上述原则和方法来区分两个自然人在合作销售侵权商品中的货值金额。因此，如果面临此类问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。