针对两名自然人共同商标侵权，行政机关通常不能直接按一个当事人作出行政处罚，而应分别对每个侵权人进行处罚。以下从多个角度进行分析：

一、法律原则角度

根据行政处罚的基本原则，即“一事一罚”和“责任自负”原则，每个违法行为人都应当对其违法行为承担相应的法律责任。在共同商标侵权的情况下，虽然两名自然人共同实施了侵权行为，但他们各自的行为都是独立的，且都构成了商标侵权。因此，行政机关应当分别对每个侵权人进行处罚，以确保法律的公正和公平。

二、法律规定角度

1. 《中华人民共和国商标法》的相关规定：

   • 该法第六十条规定，有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
   • 从上述规定可以看出，商标法并未规定在共同侵权的情况下可以合并处罚，而是强调了对每个侵权行为的独立处理。

2. 《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定：

   • 该法第二十四条规定，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。这一规定进一步强调了“一事一罚”的原则，即每个违法行为都应当受到一次且仅一次的行政处罚。
   • 在共同侵权的情况下，虽然两名自然人共同实施了侵权行为，但他们的行为是独立的，且都构成了商标侵权。因此，行政机关应当分别对每个侵权人进行处罚，而不是合并处罚。

三、实际操作角度

在实际操作中，行政机关在处理共同商标侵权案件时，通常会进行详细的调查取证，以确定每个侵权人的具体行为和责任。然后，根据调查结果，分别对每个侵权人作出行政处罚决定。这种做法既符合法律原则，也符合法律规定，能够确保法律的公正和公平。

四、特殊情况考虑

虽然通常情况下不能合并处罚，但在某些特殊情况下，如两名自然人共同实施侵权行为且难以区分各自责任时，行政机关可能会考虑将两人视为一个整体进行处罚。然而，这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和证据支持。在大多数情况下，行政机关还是会分别对每个侵权人进行处罚。

建议：如果您或他人遇到共同商标侵权的情况，建议及时向行政机关举报并提供相关证据。行政机关将依法进行调查取证，并根据调查结果分别对每个侵权人作出行政处罚决定。如果您对行政处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。