结论：没有结婚证但有小孩，双方解除同居关系并希望签订具有法律效力的书面协议，并不需要去特定部门撰写该协议，而是可以自行协商或寻求专业律师的帮助来起草协议，并在双方达成一致后签字确认。不过，为了确保协议的法律效力和可执行性，建议对协议进行公证。

详细解释与建议：

1. 协议起草：

   • 自行协商：双方可以基于平等、自愿的原则，就同居期间的财产分割、子女抚养等事宜进行协商，并达成一致意见后，自行起草协议。
   • 寻求律师帮助：由于法律协议涉及复杂的法律条款和权益保护，建议双方寻求专业律师的帮助来起草协议。律师能够根据双方的具体情况，提供专业的法律建议，并确保协议内容合法、有效。

2. 协议内容：

   • 协议应明确双方的基本信息、同居期间的基本情况、财产分割方案、子女抚养安排（包括抚养权、抚养费、探视权等）、违约责任等关键条款。
   • 协议内容应具体、明确，避免模糊不清或产生歧义，以确保协议的可执行性。

3. 协议公证：

   • 虽然协议并非必须公证才具有法律效力，但公证可以增强协议的法律效力和可执行性。公证机构会对协议的真实性、合法性进行审查，并出具公证书，作为协议有效性的证明。
   • 如果双方希望协议具有更强的法律效力，可以选择将协议进行公证。公证流程一般包括提交协议、身份证明等材料，缴纳公证费用，并等待公证机构出具公证书。

4. 后续执行：

   • 签订协议后，双方应严格按照协议内容履行各自义务。如果一方违反协议约定，另一方可以依据协议向法院提起诉讼，要求违约方承担违约责任。
   • 在执行过程中，如果遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。

特殊情况说明：

• 如果双方在同居期间育有子女，且对子女抚养问题存在争议，建议优先通过协商或调解解决。如果协商或调解无果，可以向法院提起诉讼，由法院根据子女的权益和双方的具体情况作出判决。
• 在处理同居关系解除及子女抚养问题时，应充分考虑子女的利益和感受，避免对子女造成不必要的伤害和影响。

温馨提醒：在处理此类法律问题时，务必保持冷静和理性，避免情绪化决策。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。