结论前置：在《中华人民共和国民法典》的框架下，借款合同中借款人签字但不按指纹，合同仍然是有效的。合同的有效性主要取决于双方当事人的真实意愿表示、合同内容的合法性以及双方当事人是否具有相应的民事行为能力，而非是否按指纹。
法律依据与分析
合同成立与生效的要件：
- 根据《民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确指出，签名、盖章和按指印在合同订立中具有同等的法律效力，并非必须同时具备。
- 借款合同作为合同的一种，其生效的核心在于当事人是否达成真实的意思表示，并且合同内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
签字与按指纹的法律效力：
- 签字是当事人对合同内容予以认可的重要外在表现形式，是合同成立的法定要件之一。
- 按指纹虽然可以作为一种辅助的证明手段，增强合同的证明力，但并非合同生效的必要条件。在签字真实、合同内容合法且双方当事人具有相应民事行为能力的情况下，即使不按指纹，合同依然有效。
实际履行与合同效力：
- 在某些情况下，即使合同没有明确的签字、盖章或按指纹，但如果一方已经实际履行了合同的主要义务，如出借人交付了借款且借款人接受了该借款，法律也会认定合同已经成立并生效。这体现了“事实胜于雄辩”的原则，即实际行为可以弥补形式上的不足。
举例说明与应用
以一份典型的借款合同为例，假设出借人和借款人在协商一致后，双方都在合同上签字确认，但没有按指纹。在这种情况下，只要合同内容合法，双方当事人具有相应的民事行为能力，且没有欺诈、胁迫等违法情形，这份借款合同就是合法有效的。如果借款人未按照合同约定履行还款义务，出借人可以依据合同追究其违约责任。
特殊情况与注意事项
特殊情况：
- 如果双方在合同中明确约定需要盖章或按指纹才能生效，或者按照交易习惯、行业惯例等需要这样的形式要件，那么就需要遵守这些约定或习惯。但这种情况并不影响一般原则下签字合同的有效性。
注意事项：
- 尽管按指纹不是借款合同生效的必要条件，但在实践中，为了增强合同的证明力和减少潜在的纠纷，建议在签订合同时还是尽量采取签字、盖章或按指纹等正式方式。
- 保留好相关证据和文件，如借款合同的原件、转账记录等，以备不时之需。
总结与建议
综上所述，借款合同中借款人签字但不按指纹，在满足其他生效要件的情况下，合同仍然是有效的。在签署合同时，最重要的是确保合同内容的合法性、真实性和完整性，以及双方当事人的真实意愿表示。如果你在借款合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。