工厂因经营困难而全员降薪是否合法，需根据具体情况来判断，结论如下：
合法情形：
- 与员工协商一致：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括薪酬，且应当采用书面形式。若工厂因经营困难需要降薪，应与全体员工进行协商，并签订书面协议。例如，受市场环境变化或突发事件（如疫情）影响，业务量大幅下降，工厂与员工协商后达成降薪共识，并签署相关协议，此降薪行为合法。
- 依据法定程序调整薪酬结构：工厂可遵循法定程序对薪酬结构进行合理调整，如提高基本工资占比、降低绩效工资占比等，但需确保总体工资水平不违反最低工资标准，且需经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
非法情形：
- 无合法依据且未经协商：如果工厂没有合法的合同约定或规章制度依据，也未与员工协商一致，擅自给员工降薪，这种行为是不合法的。员工有权拒绝降薪，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补足工资差额及经济补偿金。
- 降薪后低于最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果降薪后的工资低于当地政府规定的最低工资标准，这种降薪行为也是违法的。
实际操作中的注意事项：
- 充分沟通：工厂在决定降薪前，应与员工进行充分的沟通，解释降薪的原因和必要性，争取员工的理解和支持。可以通过召开职工大会、发放通知等方式进行沟通。
- 严格遵循程序：确保降薪过程符合法律规定的程序要求，如提前通知、书面确认、召开职工代表大会或全体职工大会讨论等。这些程序是保障员工权益的重要措施。
- 考虑员工权益：在降薪决策中应充分考虑员工的实际生活情况和心理承受能力，避免引发不必要的劳动争议。工厂可以提供一些补偿措施，如承诺未来业务好转后恢复工资水平或提供其他福利待遇。
法律后果提示：
- 如果工厂未经协商一致或缺乏法定事由单方面降薪，可能被认定为拖欠工资，员工有权解除劳动合同并要求经济补偿（N+1个月工资，其中N为工作年限）。
- 大规模降薪易引发罢工或集体诉讼，损害企业形象并导致行政处罚。因此，工厂在降薪前应谨慎评估法律风险，并尽量通过合法合规的方式解决经营困难。
建议：
工厂应优先选择合法合规的降本方式，如协商降薪、停工停产、优化用工模式等，避免简单粗暴的单方降薪。如果确实需要降薪，应确保与员工进行充分协商，并签订书面协议，同时遵守法定程序和最低工资标准等规定。员工则需主动维护自身权益，通过法律手段保障自身收入。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。