结论：在司法鉴定中，若被告提供了约定固定单价合同但拒绝提供合同清单，原告可通过多种途径应对，包括申请法院责令被告提交、利用其他证据佐证、申请司法鉴定机构进行专业判断，以及在必要时考虑合同解释规则。
详细分析：
申请法院责令被告提交合同清单：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有义务提供与案件有关的证据。若被告拒绝提供合同清单，原告可以向法院申请，要求法院责令被告提交。法院在审查后，若认为合同清单对案件审理至关重要，有权要求被告提供。
利用其他证据佐证合同内容：
- 在被告拒绝提供合同清单的情况下，原告可以积极寻找其他证据来佐证合同内容，如双方之前的沟通记录、交易习惯、行业惯例等。这些证据可以在一定程度上弥补合同清单的缺失，帮助法院了解合同的真实情况。
申请司法鉴定机构进行专业判断：
- 若合同内容存在争议，且无法通过其他证据明确，原告可以向法院申请，由司法鉴定机构对合同内容进行专业判断。司法鉴定机构具有专业的知识和技能，能够对合同内容进行客观、公正的分析和判断，为法院提供科学的依据。
考虑合同解释规则：
- 在合同内容存在歧义或不明确的情况下，法院可能会依据合同解释规则来解读合同。原告可以了解并运用这些规则，如按照通常理解解释、按照有利于提供格式条款一方的解释（但需注意，这并非绝对原则，需结合具体情况判断）等，来争取对己方有利的合同解释。
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，原告应保持冷静，积极收集并整理相关证据，以支持自己的主张。
- 及时与法院沟通，了解案件进展，并根据法院的要求提供必要的证据和材料。
- 若对合同内容或法律适用存在疑问，可咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
可能后果：
- 若原告能够成功提供足够证据支持自己的主张，法院可能会采纳其观点，并作出对原告有利的判决。
- 若原告无法提供足够证据，或证据不足以支持其主张，法院可能会根据现有证据和法律规定作出对被告有利的判决。因此，原告在处理此类纠纷时，应充分重视证据的收集和整理工作。