是否需要写付款申请单取决于公司内部财务管理制度，法律并未强制要求发工资必须使用付款申请单。具体分析如下：

1. 法律层面
   根据《工资支付暂行规定》第七条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者姓名及签字，并保存两年以上备查。但法律未规定必须通过“付款申请单”形式完成，只要满足工资支付记录的法定要求即可。

2. 公司制度层面

   • 若公司内部财务流程明确要求员工填写付款申请单（如需审批工资发放、区分工资与其他费用等），则属于合法合规的内部管理措施，员工需配合。
     
   • 若公司无此要求，则无需填写。此时工资支付可通过银行转账记录、工资条、签字确认表等证明。

3. 实务建议

   • 员工角度：若公司要求填写，需确认申请单内容是否与实际工资一致（如金额、发放周期等），避免签署与事实不符的文件。
     
   • 公司角度：若制定此类制度，需确保流程不违反《劳动合同法》中关于“及时足额支付工资”的规定，例如不得以填写申请单为由拖延工资发放。

特殊情形：若公司以“未填写付款申请单”为由拒发工资，可能涉嫌克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

如有具体操作疑问或公司制度争议，可进一步说明细节，我将结合实务案例为您分析。