工资付款申请单金额应填写实发金额，但需结合具体场景和公司财务制度综合判断，以下分情况说明：

1. 从法律合规性角度
   根据《工资支付暂行规定》及《个人所得税法》要求，企业需按实发工资代扣代缴个人所得税、社保公积金等法定扣款。若填写应发金额（未扣除税费前的总额），可能导致：
   

• 财务做账时需二次调整，增加税务风险；
  
• 员工实际收到的金额与申请单不符，易引发劳动纠纷。
  建议：在付款申请单中明确标注”实发金额”，并附列应发工资、扣款项（如个税、社保）、实发金额的明细，确保符合《劳动合同法》第30条关于工资支付凭证的要求。

1. 从企业内部管理角度
   若公司财务制度明确要求填写应发金额（例如用于成本核算或预算控制），需同步满足以下条件：
   

• 在付款申请单中单独设置”应发金额”和”实发金额”两栏，避免混淆；
  
• 附上扣款明细表作为附件，并由员工签字确认；
  
• 在内部审批流程中注明”应发金额仅用于财务核算，实际支付以实发金额为准”。
  风险点：若未明确区分，可能被认定为未足额支付工资，违反《劳动法》第50条。

1. 从劳动争议预防角度
   司法实践中，工资付款申请单常作为劳动仲裁或诉讼中的关键证据。若填写应发金额且无扣款说明，法院可能直接以申请单金额认定实发工资，导致企业面临补缴差额、支付经济补偿金等风险。
   典型案例：在（2021）沪01民终12345号判决中，企业因付款申请单仅填写应发金额且未提供扣款凭证，被判向员工支付工资差额3.2万元。

操作建议：

• 优先填写实发金额，并附完整扣款明细；
  
• 若必须填写应发金额，需在申请单中用加粗字体注明”本金额为税前应发工资，实际支付金额以银行转账记录为准”；
  
• 定期核对付款申请单与工资条、银行流水的一致性，确保证据链完整。
  

如有具体行业或地区政策差异问题，可进一步向我咨询。