结论：是否需要同时填写领款单和付款申请单，取决于企业内部财务管理制度及具体业务流程设计，二者功能不同且可能存在互补关系，但并非必然同时使用。 以下从法律合规、财务制度、实务操作三个维度展开分析：

1. 法律合规层面：二者无强制关联性

• 领款单：属于企业内部财务凭证，用于证明收款人已实际领取款项，核心功能是确认资金流向及收款人身份，通常需收款人签字确认。
• 付款申请单：属于企业内部审批流程文件，用于申请启动付款程序，核心功能是明确付款事由、金额、对象及审批路径，通常需经部门负责人、财务负责人等签字。
• 法律关系：二者均不直接产生对外法律效力（如对第三方主张权利），但均属于企业内部财务管理的重要证据。根据《会计法》第十四条，企业需根据真实经济业务事项进行会计核算，二者均服务于这一目的，但无强制要求同时使用。

2. 财务制度层面：取决于企业内控设计

• 单一流程场景：若企业采用“先申请后付款”的严格内控模式，可能要求付款申请单作为付款前提，领款单作为付款后确认凭证，此时二者需配合使用。
• 简化流程场景：若企业允许“即付即领”（如小额备用金支付），可能仅需领款单即可完成流程，付款申请单可省略。
• 特殊场景：涉及预付款、跨部门协作等复杂业务时，企业可能要求同时填写以明确权责（如付款申请单注明预付款性质，领款单注明实际领取金额）。

3. 实务操作层面：建议以风险防控为导向

• 企业角度：若未明确制度，建议同时使用以规避风险：
  • 付款申请单可留存付款事由、审批记录，避免无依据付款；
  • 领款单可证明资金实际交付，避免员工否认收款引发纠纷。
• 员工角度：若企业未强制要求，可主动要求填写付款申请单以保留付款依据，尤其在涉及大额款项或争议性业务时。

4. 例外情形：需结合具体业务类型判断

• 政府/事业单位：根据《行政单位财务规则》或《事业单位财务规则》，可能对付款流程有更严格规定，需同时履行审批（类似付款申请单）和核销（类似领款单）程序。
• 建设工程领域：根据《建设工程价款结算暂行办法》，承包人领款时需提交付款申请单及发票等材料，发包人需通过领款单确认实际支付，此时二者为法定配套文件。

建议：若您所在企业未明确制度，可优先咨询财务部门确认流程；若涉及大额款项或复杂业务，建议同时填写以完善证据链。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规操作。