若调解协议书签订后被告发现存在问题，可根据具体情况采取以下措施：

1. 协商解决
   若问题属于非原则性瑕疵（如笔误、计算错误、条款表述歧义等），双方可优先通过友好协商重新确认协议内容，并签订补充协议进行修正。此方式成本最低、效率最高，但需注意补充协议需明确修正的具体条款，避免再次产生争议。

2. 申请法院撤销或变更协议
   若问题涉及重大误解、显失公平、欺诈、胁迫或乘人之危等法定情形，被告可在知道或应当知道撤销事由之日起一年内向法院提起诉讼，请求撤销或变更调解协议。例如：

   • 调解时对关键事实（如债务金额、责任范围）存在重大误解；
     
   • 协议内容显失公平（如一方承担过多义务而对方几乎无对价）；
     
   • 对方通过欺诈、胁迫等手段迫使被告签订协议。
     需注意：撤销权行使期限为1年，逾期将丧失权利；同时需提供充分证据证明存在法定撤销事由。

3. 通过再审程序救济
   若调解协议已通过法院确认并制作调解书，且被告能证明调解违反自愿原则或调解内容违法，可在调解书生效后6个月内向法院申请再审。例如：

   • 调解过程中受到威胁、暴力或长时间限制人身自由；
     
   • 调解内容违反法律、行政法规的强制性规定（如调解结果涉及非法债务）。
     需注意：再审程序审查严格，需提交调解违反自愿或违法的直接证据（如录音、录像、证人证言等）。

4. 执行阶段提出异议
   若调解协议已进入执行阶段，被告发现协议存在无效或可撤销情形，可向执行法院提出执行异议，请求中止执行并审查协议效力。例如：

   • 协议内容因违法被确认无效；
     
   • 原告未履行协议约定的对等义务（如先履行义务未完成）。
     需注意：执行异议需在执行程序终结前提出，且需同步启动撤销或确认无效的诉讼程序。

行动建议：

• 立即收集证据（如调解记录、沟通记录、协议文本等），分析问题性质；
  
• 根据问题类型选择上述对应路径，优先协商或申请撤销/变更；
  
• 若涉及复杂法律判断（如是否构成显失公平），可整理材料后直接向我咨询，我会结合具体条款和证据提供分析。
  

调解协议的效力问题需结合具体事实和法律条款判断，建议根据实际情况选择最有效的救济方式。