若调解书已履行完毕，但事后发现原告主体不适格，可分以下两种情况处理：

1. 若调解书已生效且履行完毕，原则上无法直接推翻调解结果，但可通过法律程序主张权利救济
   根据《民事诉讼法》第2零八条及《民法典》相关规定，调解书生效后即具有强制执行力，若原告主体不适格（如原告无诉讼行为能力、未取得合法授权或诉讼标的与其无直接利害关系），但调解内容已实际履行，被告通常难以直接以“原告不适格”为由要求返还财产或撤销调解。此时需分情形处理：

   • 若被告因原告不适格遭受实际损失（如原告无权处分财产导致被告履行后无法取得对应权益），被告可另案起诉原告或相关责任方，主张不当得利返还（《民法典》第122条）或侵权损害赔偿。例如，原告冒用他人名义起诉并达成调解，被告履行后发现真实权利人未参与诉讼，可要求原告返还财产或赔偿损失。
     
   • 若调解内容未损害被告利益（如被告自愿履行且无争议），则法律上难以主张返还或撤销，但可基于诚实信用原则与原告协商解决。

2. 若调解书存在重大程序瑕疵（如原告主体不适格导致调解违反自愿原则），可申请再审或提起第三人撤销之诉
   根据《民事诉讼法》第2零七条，若调解违反自愿原则或调解协议内容违法，当事人可在调解书生效后6个月内申请再审。若原告主体不适格导致调解程序违法（如未依法追加必要共同诉讼人），被告可主张调解程序违法并申请再审。此外，若案外人对调解结果有独立请求权（如真实权利人因原告不适格未参与诉讼），可在知道或应当知道权益受损之日起6个月内提起第三人撤销之诉（《民事诉讼法》第59条），请求撤销调解书中损害其权益的部分。

实务建议：

• 立即收集证据（如调解书、履行凭证、原告主体资格证明等），评估原告不适格的具体情形及对自身权益的影响；
  
• 优先与原告协商，尝试通过补充协议或和解方式解决争议，降低诉讼成本；
  
• 若协商无果，根据损失情况选择合适法律途径（如不当得利之诉、再审或第三人撤销之诉），并注意诉讼时效限制。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据准备要点。