公款长期不归公属于违法行为，需根据具体情况承担相应法律责任，具体处理方式如下：

1. 民事责任层面
   若公款被个人长期占用但未涉及职务侵占或贪污等刑事犯罪，单位可通过民事诉讼主张权利。需收集证据证明款项性质（如财务记录、审批文件）、占用事实（如转账记录、使用凭证）及催告记录（如书面通知、律师函），要求返还公款并赔偿利息损失。若占用者拒不履行判决，可申请强制执行其财产。

2. 行政责任层面
   若占用者为公职人员或国企员工，单位可依据《公务员法》《事业单位工作人员处分暂行规定》或企业内部规章制度，给予警告、记过、降级、撤职直至开除等处分。同时需向纪检监察机关报案，配合调查程序。

3. 刑事责任层面
   若占用公款行为符合以下要件，可能构成犯罪：

   • 贪污罪：国家工作人员利用职务便利，通过侵吞、窃取、骗取等手段非法占有公款，数额达3万元以上即达立案标准（《刑法》第382条）；
     
   • 挪用公款罪：国家工作人员挪用公款归个人使用，进行非法活动或数额较大（5万元以上）进行营利活动，或数额较大（10万元以上）超过3个月未还（《刑法》第384条）；
     
   • 职务侵占罪：非国家工作人员（如企业员工）利用职务便利，将单位财物非法占为己有，数额达6万元以上即达立案标准（《刑法》第271条）。
     刑事追诉需由公安机关立案侦查，检察院审查起诉，最终由法院判决。

实务建议：

• 单位应立即固定证据（如财务审计报告、占用者承认事实的书面材料），避免证据灭失；
  
• 根据占用者身份和行为性质，选择向纪检监察机关举报或直接向公安机关报案；
  
• 若涉及刑事犯罪，可同步提起刑事附带民事诉讼，要求返还公款并赔偿损失。
  

如有具体案情或证据材料，可进一步向我说明，我将结合细节提供针对性分析。