结论：第三方工程结算价大于合同价时是否可以付款，需根据具体情况判断，主要涉及合同约定、实际履行情况、变更程序及法律规定等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 合同有明确约定时

• 若合同约定“结算价以第三方审核为准”：
  若合同中明确约定工程价款以第三方（如审计机构、造价咨询公司）的结算结果为准，且未设置上限或调整条件，则第三方结算价大于合同价时，发包方应按结算价支付。
  法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人就质量、价款等约定不明确且无法达成补充协议的，可按照合同相关条款或交易习惯确定。若合同已明确授权第三方结算，则其结果具有约束力。

• 若合同约定“结算价不得超过合同价”：
  若合同中明确限制结算价不得超过合同价（如固定总价合同），或约定超支部分由承包方承担，则第三方结算价大于合同价时，发包方有权拒绝支付超额部分，除非承包方能证明超支系因发包方原因（如设计变更、工程量增加）导致。
  法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务的，应承担违约责任。若承包方未按合同约定控制成本，需自行承担超支后果。

2. 合同无明确约定时

• 若实际工程量或范围发生变更：
  若施工过程中因发包方要求（如设计变更、增加工程量）导致实际成本增加，且双方已通过签证、补充协议等形式确认变更，则第三方结算价大于合同价时，发包方应按实际成本支付。
  法律依据：根据《建设工程司法解释（一）》第19条，当事人对工程量有争议的，按施工过程中形成的签证等书面文件确认；未能提供签证的，可参照合同约定或行业惯例推断。

• 若因市场波动导致成本增加：
  若合同未约定风险分担条款（如材料价格波动、人工费上涨），且成本增加非因发包方原因导致，则第三方结算价大于合同价时，发包方可能无需支付超额部分，除非承包方能证明成本增加属不可预见且不可归责于己方的事由。
  法律依据：根据《民法典》第533条，合同成立后因情势变更导致继续履行显失公平的，受不利影响的方可与对方重新协商；协商不成的，可请求法院或仲裁机构变更或解除合同。

3. 程序合法性要求

• 第三方结算程序需合法：
  若第三方结算机构的选择、结算程序（如审核期限、异议处理）不符合合同约定或法律规定（如未通过招投标程序选定机构），则结算结果可能被认定为无效，发包方有权拒绝按结算价支付。
  法律依据：根据《建设工程司法解释（一）》第30条，当事人对工程量有争议且未签证确认的，由法院委托鉴定机构确定；若鉴定程序违法，结果可能不被采信。

4. 实务建议

• 对发包方：

  1. 在合同中明确约定结算方式（如固定总价、可调总价）、风险分担条款（如材料价格波动范围）及第三方结算程序；
     
  2. 施工过程中及时审核变更签证，避免事后争议；
     
  3. 若对第三方结算结果有异议，应在法定期限内提出异议或申请重新鉴定。

• 对承包方：

  1. 保留成本增加的证据（如采购合同、人工费单据）；
     
  2. 及时与发包方沟通变更事项，通过书面形式确认；
     
  3. 若合同未约定风险分担，可主张情势变更或显失公平，要求调整价款。

总结：第三方工程结算价大于合同价时能否付款，需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。建议双方在合同中明确价款调整机制，并在施工过程中规范变更程序，以降低争议风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。