申请强制执行后双方达成的还款协议，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
协议有效的法律基础
在申请强制执行的过程中，双方当事人仍然有权进行协商，并达成还款协议。这种协议本质上是一种民事合同，只要满足合同成立的要件，即双方意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗，且具备合同所必需的条款（如还款金额、还款期限、还款方式等），该协议就是有效的。
协议有效后的法律效果
中止或终结强制执行程序：一旦双方达成还款协议，并经法院确认或记录在案，执行法院可以根据申请执行人的请求，中止或终结强制执行程序。这意味着，被执行人将按照协议约定的内容和期限履行还款义务，而申请执行人则暂时或永久地放弃通过强制执行程序追讨债务的权利。
协议具有强制执行力：如果被执行人未按照还款协议履行义务，申请执行人可以向法院申请恢复强制执行程序，并要求法院以还款协议为依据，强制被执行人履行还款义务。此时，还款协议将作为执行依据，具有强制执行力。
协议可能无效或可撤销的情形
尽管还款协议在一般情况下是有效的，但也存在一些可能导致协议无效或可撤销的情形。例如：
协议内容违法或违背公序良俗：如果还款协议的内容违反了法律或行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议将被认定为无效。
一方以欺诈、胁迫手段订立协议：如果一方在订立还款协议时，采用了欺诈、胁迫等手段，导致对方在违背真实意思的情况下订立了协议，那么受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
协议显失公平：如果还款协议在订立时，双方的权利义务明显不对等，且这种不对等是由于一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形所致，那么受损害方也有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
法律建议
确保协议内容合法合规：在订立还款协议时，双方应确保协议内容不违反法律或行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
明确协议条款：还款协议应明确约定还款金额、还款期限、还款方式等关键条款，以避免未来产生纠纷。
考虑协议公证或法院确认：为了增强还款协议的强制执行力，双方可以考虑将协议进行公证或申请法院进行确认。这样，在协议履行过程中或履行完毕后，如果一方不履行义务，另一方可以更方便地通过法律途径维护自己的权益。
及时咨询专业律师：在订立还款协议前或协议履行过程中，如果双方有任何疑问或担忧，应及时咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。
如果你在申请强制执行后与对方达成了还款协议，但不确定其有效性或担心未来可能产生的纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。