与公司签订的赔偿协议中注明不能与公司打官司，这样的条款一般是无效的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 法律原则角度：

   • 根据我国法律的基本原则，公民和法人的合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。同时，公民和法人有权通过法律途径维护自己的合法权益，这是法律赋予的基本权利。
   • 赔偿协议中的“不能与公司打官司”条款，实际上是对公民和法人诉讼权利的剥夺，违反了法律的基本原则，因此该条款是无效的。

2. 合同效力角度：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，但合同的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
   • “不能与公司打官司”的条款，由于违反了法律关于诉讼权利的规定，因此该条款不具有法律效力，不会对双方产生约束力。即使协议中有这样的条款，当一方认为自己的权益受到侵害时，仍然有权向法院提起诉讼。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果赔偿协议中包含了这样的无效条款，当一方试图依据该条款阻止另一方提起诉讼时，法院会审查该条款的合法性，并认定其无效。
   • 法院会依据法律规定和案件事实，对双方的争议进行公正、公平的裁决，保护合法权益受到侵害的一方。

建议：

• 在签订赔偿协议时，双方应确保协议内容合法、合规，不包含任何剥夺或限制诉讼权利的条款。
• 如果协议中已经包含了这样的无效条款，双方可以协商修改或删除该条款，以确保协议的合法性和有效性。
• 如果一方认为自己的权益受到侵害，且协议中的无效条款阻止了其提起诉讼，那么该方有权向法院提起诉讼，寻求法律保护。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。