结论：买方违约是否需要赔付违约金，需结合合同具体条款、违约情形及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

一、合同条款的效力与解释

1. 契税条款的合法性
   契税通常由买方承担，但合同约定“买方承担两次契税”需明确其具体含义（如是否包含重复缴纳或额外费用）。若该条款未违反法律强制性规定（如《契税法》中关于纳税义务人的规定），且双方意思表示真实，则条款有效。
   示例：若合同约定“买方需支付交易契税及因卖方原因导致的补缴契税”，则买方违约时可能需承担该费用及违约金。

2. 违约金条款的独立性
   违约金条款与契税条款通常独立存在。即使买方需承担两次契税，若其违约行为（如拒不付款、单方解约）触发违约金条款，仍需按约定赔付，除非违约金过高（超过实际损失30%）可请求法院调整。
   法律依据：《民法典》第585条：“约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”

二、违约情形的分类讨论

1. 买方因经济原因违约
   若买方因资金问题无法履行合同（如无法支付房款或契税），构成根本违约，卖方有权要求继续履行或解除合同并索赔违约金。此时，买方需同时承担契税义务（若未履行）及违约金。
   风险提示：卖方需证明实际损失（如房价波动、再售成本）以支持违约金主张。

2. 买方因合同条款争议违约
   若买方主张“两次契税”条款显失公平或存在欺诈（如卖方隐瞒政策导致重复缴税），可能通过诉讼撤销或变更合同。此时，违约金条款可能因主合同变更而失效。
   操作建议：买方应先通过协商或诉讼确认合同效力，再主张违约责任。

3. 卖方先违约导致买方拒付
   若卖方存在根本违约（如未按时交房、隐瞒房屋瑕疵），买方有权拒付契税并主张解除合同，此时无需赔付违约金。
   法律依据：《民法典》第563条：“因一方违约导致合同目的不能实现的，非违约方有权解除合同。”

三、实务操作建议

1. 审查合同条款

   • 明确契税的具体范围（是否包含补缴、滞纳金等）；
     
   • 核对违约金计算方式（如按房款比例或固定金额）；
     
   • 确认违约情形是否涵盖“拒付契税”等具体行为。

2. 协商与诉讼策略

   • 协商：双方可就契税分担、违约金减免达成补充协议；
     
   • 诉讼：若协商无果，卖方需在3年诉讼时效内起诉，并提交合同、付款记录、违约通知等证据；买方则可主张违约金过高或合同无效进行抗辩。

3. 风险防范

   • 卖方：在合同中约定“买方逾期付款超过X日，卖方有权解除合同并收取X%违约金”；
     
   • 买方：要求卖方出具契税缴纳凭证，避免重复缴税风险。

总结：买方违约是否赔付违约金需以合同约定为基础，结合违约原因、损失情况及法律规定综合判断。若您涉及具体纠纷，建议提供合同文本及违约细节，以便进一步分析。