医生建议休假三个月本身并不违规，但具体是否合规需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、医生建议休假的性质
医生根据患者的病情和身体状况，出具休假建议，这是医生行使专业判断权的体现。休假建议本身并不具有强制性，但它可以作为患者向单位申请病假的依据。因此，从医生的角度来看，建议休假三个月并不违规，只要这一建议是基于患者的实际病情和医学需要。
二、单位对休假建议的审核
虽然医生出具了休假建议，但单位在审核时，有权要求患者提供相关的医疗证明和诊断报告，以确认休假的必要性和合理性。如果单位认为休假时间过长或存在疑问，可以要求患者进一步提供医疗证明或进行复检。在这种情况下，如果医生建议的休假时间确实过长，且无法提供充分的医疗证明支持，那么单位可能会拒绝批准全部或部分休假时间。但这并不意味着医生建议本身违规，而是单位在行使管理权时对休假建议的合理性进行了判断。
三、法律法规的考量
在劳动法领域，关于病假的规定通常涉及病假的期限、工资支付等方面。例如，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。这意味着，在符合法律法规规定的情况下，医生建议的休假时间（如三个月）是可以被接受的。然而，具体医疗期的长短还需根据患者的实际工作年限和单位规定来确定。
四、实际操作中的建议
患者角度：如果你因病情需要休假，应首先咨询医生，获取详细的医疗证明和诊断报告。在向单位申请病假时，提供这些证明文件以支持你的休假申请。如果单位对休假时间有疑问，可以积极与单位沟通，解释病情和休假必要性。
单位角度：在审核员工的病假申请时，应尊重医生的专业判断，同时结合员工的实际病情和单位规定进行合理判断。如果认为休假时间过长或存在疑问，可以要求员工提供进一步的医疗证明或进行复检。在处理病假申请时，应遵循公平、公正、合理的原则，避免侵犯员工的合法权益。
法律风险：无论是患者还是单位，在处理病假问题时都应遵守相关法律法规的规定。患者不应通过虚假医疗证明等手段骗取病假；单位也不应无故拒绝员工的合理病假申请或克扣病假工资。否则，都可能面临法律风险。
如果你在处理病假问题时遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。