结论：员工在休年假期间，通常应当享有全勤奖，但具体情况可能受公司规章制度影响。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律规定层面
根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明年休假是劳动者的法定权利，休假期间应视为正常出勤，用人单位不得因此扣减员工的工资或福利待遇，包括全勤奖。
二、全勤奖的评定与年休假的关系
公司规章制度明确规定的情况：
- 若公司规章制度中明确指出，年休假不影响全勤奖的评定，即年休假、调休等法定可休假期不视为缺勤，那么员工在依法休年假且满足其他全勤条件时，应获得全勤奖。
- 反之，如果公司规章制度将年休假纳入缺勤计算范围，并规定请假（包括年假）就不能获得全勤奖，那么在这种情况下，员工请年假后将无法获得全勤奖。但需注意，这样的规定不能违反法律法规关于年休假的基本权益保障。例如，若公司规章制度中规定“休年假扣全勤奖”，这一条款可能因违反法律法规而无效。
公司没有明确规定的情况：
- 在没有明确规章制度限制的情况下，从法律公平合理的角度出发，年休假是员工依法享有的休息权利，与因个人过错导致的缺勤有本质区别。因此，员工休年假不应影响全勤奖的获取。
三、实践中的操作与建议
- 在实践中，大多数用人单位会遵循法律规定，确保员工在休年假期间享受正常的工资收入和福利待遇，包括全勤奖。例如，一些正规企业会在其考勤管理制度中明确规定，员工依法享受的年休假、婚假、产假等法定假期均不计入缺勤天数，不影响全勤奖的评定。
- 如果员工发现公司在全勤奖评定上侵犯了自己的合法权益，首先应与公司进行友好协商沟通，说明情况并寻求解决。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规，强调年休假是法定权利，休假期间应视为正常出勤，不应影响全勤奖的发放。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工需要提供相关证据，如公司规章制度、考勤记录、工资条等，以证明自己的主张。
四、风险提示
- 公司若因员工休年休假而扣除全勤奖，可能面临法律风险，如被认定为侵害了劳动者依法享有的年休假权益。因此，建议公司在制定规章制度时充分考虑法律法规的要求，确保内容的合法性和合理性。
- 劳动者也应了解并遵守公司的相关规章制度，并在必要时与用人单位进行沟通协商以维护自身权益。如果公司规章制度中存在违法条款，劳动者有权拒绝执行，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，员工在休年假期间通常应享有全勤奖，但具体情况可能受公司规章制度影响。如果你在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。