结论：在毕业证已拿的情况下，学校归档时打电话给实习公司核实而实习公司不接电话，一般不会对毕业证的有效性或归档产生直接影响，但可能会影响学校对实习经历的最终确认。以下从不同角度为你详细分析：

学校角度

1. 核实目的与流程：学校在归档时联系实习公司，主要是为了核实学生的实习经历是否真实有效，这是学校教学管理的一部分，旨在确保学生按照教学计划完成了实习任务。如果实习公司不接电话，学校可能会尝试多次联系，或者通过其他方式（如邮件、传真等）进行核实。
2. 对归档的影响：如果学校无法通过电话联系到实习公司，但有其他充分的证据（如实习报告、实习单位出具的实习证明等）证明学生的实习经历，那么学校可能会基于这些证据进行归档，而不会因为一次电话未接通就否定学生的实习经历。然而，如果学校坚持要求实习公司确认，且多次联系无果，可能会暂时搁置该学生的归档，直到获得实习公司的确认或找到其他解决方案。

实习公司角度

1. 不接电话的可能原因：实习公司不接电话可能有多种原因，如公司业务繁忙、电话线路故障、相关人员离职或请假等。这并不一定意味着公司拒绝确认学生的实习经历。
2. 后续沟通建议：如果学校或学生发现实习公司不接电话，可以尝试通过其他方式与实习公司取得联系，如发送邮件、留言或联系公司的其他部门或人员。同时，学生也可以向学校说明情况，并提供其他证明实习经历的材料，以协助学校完成归档工作。

学生角度

1. 保持沟通：作为学生，你应该保持与学校和实习公司的沟通畅通。如果得知学校正在联系实习公司进行核实，可以主动向学校提供实习公司的联系方式或其他相关信息，以便学校能够顺利联系到实习公司。
2. 准备证明材料：为了应对可能出现的核实问题，你可以提前准备好实习报告、实习单位出具的实习证明等材料。这些材料可以作为你实习经历的有效证明，帮助学校完成归档工作。
3. 关注归档进度：你可以定期向学校咨询归档进度，了解学校是否已经联系到实习公司并获得了确认。如果学校表示遇到困难，你可以积极协助学校解决问题，如提供其他联系方式或协助学校与实习公司沟通。

额外建议：虽然实习公司不接电话一般不会对毕业证的有效性或归档产生直接影响，但为了避免不必要的麻烦和延误，建议你还是积极与学校和实习公司保持沟通，确保实习经历能够得到及时、有效的确认。如果有任何法律问题或疑虑，也可以随时向我咨询，我会尽我所能为你提供帮助。