结论前置：起诉行政协议无效一般不受起诉时效的限制，但需考虑特殊情况下的时间考量因素。以下从多个角度进行详细分析：
一、一般情况：不受起诉时效限制
理论基础与法律依据：
- 无效行政协议因存在重大且明显违法情形，如行政机关超越职权、违反法定程序等，从本质上不具备法律效力，因此当事人在任何时候都可以主张其无效。这一原则在理论上不受一般时效规定的限制。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十五条规定：“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。”这一规定同样适用于行政协议，因为行政协议在性质上兼具行政性与合同性，可以参照民事法律规范的相关规定。
- 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十二条也明确指出，行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。这进一步体现了对无效行政协议确认不受起诉时效限制的精神。
司法实践：
- 在司法实践中，法院通常认为无效行政协议自始无效，不会因时间的推移而变为有效。因此，当事人可以随时向法院提起确认行政协议无效的请求，法院也应随时对行政协议的效力进行审查。
二、特殊情况：存在一定的时间考量因素
司法资源合理利用与法律秩序稳定：
- 尽管无效行政协议理论上可随时主张无效，但实践中，若行政协议作出后长时间未受挑战，且基于该协议已形成稳定的法律秩序和社会关系，法院会考虑司法资源的合理利用和对现有法律秩序的维护。例如，涉及不动产登记的行政协议，若多年后相关权利人主张登记无效，而期间已发生多次合法交易流转，法院需谨慎权衡。
善意第三人信赖利益保护：
- 当无效行政协议涉及善意第三人的信赖利益时，主张无效的时间会受到一定限制。如行政机关颁发的许可证通过行政协议方式授予，而该许可证存在重大违法，第三人基于信赖与该许可相关的行政相对人交易并支付合理对价，此时允许随意主张许可对应的行政协议无效将损害善意第三人权益。法院可能要求主张无效的一方提供更充分理由和证据，或在保护善意第三人前提下审查无效主张。
三、实际操作中的建议
及时主张权利：
- 尽管法律上未明确规定行政协议无效之诉的起诉时效，但当事人在发现行政协议存在无效情形时，仍应尽早提出无效之诉，以避免因长时间拖延而导致证据灭失、法律关系复杂化等问题。
咨询专业律师：
- 不同地区法院在具体案件审理中可能存在差异和理解上的不同，因此当事人在提起无效之诉前，最好向我咨询，以确保诉讼策略的合理性和有效性。
准备充分证据：
- 在提起无效之诉时，当事人应准备充分的证据来证明行政协议存在无效情形，如行政机关超越职权、违反法定程序等。这将有助于法院更快地作出确认无效的判决。
总结：起诉行政协议无效一般不受起诉时效的限制，但需考虑特殊情况下的时间考量因素。当事人在发现行政协议存在无效情形时，应及时主张权利并准备充分证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。