甲方没有盖公章签名的协议书，在一般情况下不能生效，但在特定情况下可能被视为有效。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
合同成立与生效的基本条件：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，在常规情况下，若甲方未签名盖章，合同通常不成立，自然也就无法生效。签名盖章是合同双方对合同条款的确认和承诺，是合同生效的重要形式要件。
合同成立与生效的区别：
- 合同成立是指合同双方就合同条款达成一致意见，是合同生效的前提。
- 合同生效则是指合同成立后，具备法律规定的效力，对双方产生法律约束力。
二、特殊情况下的合同生效
尽管一般情况下甲方未签名盖章的合同不生效，但存在以下特殊情况时，合同仍可能被视为有效：
实际履行原则：
- 如果甲方虽未签名盖章，但实际已经履行了合同的主要义务，且对方接受的，根据《民法典》的相关规定，该合同可视为成立并生效。例如，甲方未签字但已按照合同约定发送货物，乙方接收并使用，此时合同即成立并生效。
约定或法定的其他生效条件：
- 如果合同中明确约定了生效条件并非以双方签字盖章为唯一标准，而是其他特定条件（如交付定金、完成特定任务等），当这些条件成就时，即使甲方未签名盖章，合同也可能生效。
- 例如，合同中约定“本合同自乙方交付定金之日起生效”，当乙方交付定金后，即便甲方未签字盖章，合同也依法生效。
三、处理建议与注意事项
催促补充签字盖章：
- 如果合同尚未履行，且发现甲方未签名盖章，应尽快催促甲方补充签字盖章，以确保合同的合法性和有效性。
准备证据证明合同有效性：
- 如果合同已经部分或全部履行，但甲方未签名盖章，应准备相关证据（如双方往来的邮件、聊天记录、交货单、收款凭证等）来证明合同的有效性及双方的履约情况。这些证据在后续可能出现的纠纷中至关重要。
法律途径解决纠纷：
- 如遇因合同效力问题产生的纠纷，应通过法律途径解决，由法院根据具体事实判定合同的效力。在诉讼过程中，应充分陈述事实、提供证据，以维护自身合法权益。
总结来说，甲方没有盖公章签名的协议书在一般情况下不能生效，但在实际履行或约定/法定的其他生效条件成就等特定情况下可能被视为有效。在处理此类问题时，应根据具体情况进行判断，并采取相应措施以确保自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。