在刑事案件中，若发现某些证据或行为与本案无关但存在违法情形，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若违法证据或行为与本案无关且不涉及其他案件
   根据《刑事诉讼法》第五十六条，非法证据排除规则明确要求：通过刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法方法收集的证据，应当予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。即使该证据与本案无关，侦查机关也需依法终止对该证据的调查，并不得将其作为其他案件的线索使用（除非涉及新的违法犯罪线索）。例如，通过非法搜查获取的与本案无关的物品，应当依法返还或销毁，不得作为其他案件的证据。

2. 若违法证据或行为与本案无关但涉及其他案件
   若侦查机关在调查中发现与本案无关的违法线索（如发现嫌疑人另有其他犯罪行为），需根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十六条，另行立案侦查。此时，原案件的侦查程序与新案件的侦查程序需严格分离，避免证据混用或程序违法。例如，在调查盗窃案时发现嫌疑人涉嫌贩毒，需将贩毒线索移交至禁毒部门，并重新启动贩毒案件的侦查程序。

3. 若违法证据或行为与本案无关且未构成犯罪
   若违法行为未达到刑事立案标准（如轻微殴打、侮辱等），需根据《治安管理处罚法》第九十五条，依法作出治安管理处罚（如警告、罚款、行政拘留），但不得将该处罚结果作为本案的定罪依据。例如，在调查诈骗案时发现嫌疑人曾有轻微扰乱公共秩序行为，可由公安机关另行作出治安处罚，但不得在诈骗案中引用该处罚记录。

关键提醒：

• 无论违法证据是否与本案相关，侦查机关均需严格遵守法定程序，避免“以案外违法证据反推本案有罪”的逻辑错误。
  
• 若您发现侦查机关存在程序违法或证据滥用情形，可依据《刑事诉讼法》第一百一十七条，向同级或上级人民检察院提出侦查活动监督申请，要求检察机关介入调查。
  

如有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我咨询。