公司长期克扣员工加班费属于违法行为，员工可通过以下途径维权：

1. 与公司协商解决
   首先可尝试与公司人力资源部门或直接上级沟通，明确指出加班事实及应支付的加班费金额（需保留加班记录、考勤表等证据）。若公司以“制度规定”“绩效调整”等理由拒绝支付，可要求其出具书面说明并留存证据。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向公司所在地的劳动保障监察大队投诉（可通过当地人社局官网查询联系方式）。投诉时需提交：

   • 劳动关系证明（劳动合同、工资条等）；
     
   • 加班证据（考勤记录、加班通知、工作邮件等）；
     
   • 公司克扣加班费的证据（如工资条中未体现加班费部分）。
     劳动监察部门会介入调查，责令公司限期支付，逾期不付可加付赔偿金（《劳动保障监察条例》第26条）。

3. 申请劳动仲裁
   若投诉未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需在知道权益被侵害之日起1年内提出）。仲裁请求可包括：

   • 支付被克扣的加班费及25%的经济补偿金（《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条）；
     
   • 若因公司违法行为解除劳动合同，可主张经济补偿金（《劳动合同法》第38条、第46条）。
     注意：仲裁需提交书面申请书及证据材料，建议提前咨询以完善材料。

4. 提起诉讼
   对仲裁结果不服的，可在收到裁决书之日起15日内向法院起诉。若公司存在恶意拖欠，法院可能支持员工主张的加班费及50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第85条）。

关键提醒：

• 加班费计算标准：工作日加班≥1.5倍工资，休息日加班且未补休≥2倍工资，法定节假日加班≥3倍工资（《劳动法》第44条）；
  
• 证据保留是核心，电子证据（如微信记录）需公证或通过“权利人查看”方式固定；
  
• 维权过程中避免与公司发生冲突，保留沟通记录（如邮件、录音）以防公司反诉“严重违纪”。

如有具体证据或细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步指导维权策略。