若法院将无效的证据予以认证，当事人可以采取以下措施来维护自身合法权益：
及时提出异议：
- 在庭审过程中，一旦发现法院认证了无效证据，当事人应立即向法庭提出异议，明确指出该证据无效的理由，如证据形式不合法、内容不真实、与案件无关等。这是阻止无效证据被不当使用的重要步骤。
申请复议或上诉：
- 复议：如果法庭在庭审中驳回了当事人的异议，当事人可以在法庭辩论终结前申请复议一次，请求法庭重新审查证据的效力。
- 上诉：若法庭最终采纳了无效证据并作出了不利于当事人的判决，当事人可以在法定期限内（通常为判决书送达之日起十五日内）向上一级人民法院提起上诉，请求撤销原判决，并指出原判决中证据认证的错误。
申请再审：
- 如果判决已经生效，且当事人认为法院认证无效证据的行为严重影响了案件的公正审理，当事人可以在法定期限内（通常为判决生效后六个月内）向原审人民法院或者上一级人民法院申请再审，请求法院重新审查证据，并纠正错误的判决。
向检察机关申请检察建议或抗诉：
- 在特定情况下，如法院认证无效证据的行为可能构成违法审判，当事人还可以向人民检察院申请检察建议或抗诉。检察机关有权对法院的审判活动进行法律监督，如果发现法院存在违法审判行为，可以提出检察建议或提起抗诉，促使法院纠正错误。
法律背景与建议：
- 证据认证的合法性：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，证据必须具备合法性、真实性和关联性才能被法院采纳。如果证据不具备这些条件，法院应当不予认证或排除。
- 当事人的诉讼权利：当事人在诉讼过程中享有充分的诉讼权利，包括提出异议、申请复议、上诉和申请再审等。这些权利是保障当事人合法权益、维护司法公正的重要手段。
- 建议：当事人在诉讼过程中应密切关注法院对证据的认证情况，一旦发现无效证据被认证，应立即采取措施维护自身权益。同时，建议当事人在诉讼前咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼策略，以便更好地应对诉讼中的各种情况。
可能法律后果：
- 如果法院错误地认证了无效证据，并据此作出了不利于当事人的判决，当事人可以通过上述途径寻求救济。如果救济成功，原判决可能被撤销或改判，当事人的合法权益将得到保护。
- 如果当事人未及时采取措施维护自身权益，可能导致无效证据被不当使用，进而影响案件的公正审理和当事人的合法权益。
总结：法院将无效的证据予以认证是违反法律规定的，当事人有权通过提出异议、申请复议、上诉或申请再审等途径来维护自身合法权益。在诉讼过程中，当事人应密切关注证据认证情况，并咨询专业律师以获取更全面的法律建议。