若合作双方中有一方违法获取项目，另一方可以采取以下措施，具体需根据违法情形和合作模式分情况处理：

1. 立即固定证据，明确违法事实
   无论对方是通过行贿、伪造资质、串通投标还是其他违法手段获取项目，第一步需收集关键证据（如书面文件、录音录像、转账记录、第三方证人证言等）。例如，若对方通过行贿中标，需留存行贿金额、时间、对象等证据；若通过伪造资质，需留存虚假文件原件及鉴定报告。证据的充分性直接影响后续维权效果。

2. 根据违法性质选择维权路径

   • 行政举报：若对方行为违反《招标投标法》《政府采购法》等行政法规（如串通投标、弄虚作假骗取中标），可向项目主管部门（如住建局、财政局）或市场监管部门举报，要求撤销中标结果、处罚违法方，并可能重新招标。
     
   • 民事索赔：若对方违法导致己方损失（如已投入的前期费用、预期收益），可依据《民法典》第157条（民事法律行为无效的后果）起诉，要求对方赔偿实际损失及合理维权费用。需注意：若己方明知对方违法仍参与合作，可能被认定存在过错，赔偿金额会相应减少。
     
   • 刑事控告：若对方行为涉嫌犯罪（如行贿罪、受贿罪、伪造公司印章罪），可向公安机关报案，追究其刑事责任。刑事立案后，违法方可能面临罚金、拘役甚至有期徒刑，同时其违法所得可能被追缴，间接保护己方权益。

3. 评估合作协议效力，防范连带风险

   • 若合作协议中明确约定“双方不得通过违法手段获取项目，否则违约方承担全部责任”，可直接依据协议主张权利；
     
   • 若协议未约定或约定模糊，需结合《民法典》第153条（违反法律强制性规定的合同无效）判断协议效力。若协议因对方违法而无效，己方可能需返还已获利益（如已分配的项目款），但可主张对方赔偿因合同无效造成的损失（如差旅费、律师费）。
     
   • 关键提醒：若己方在合作中存在“默许”“协助”对方违法的行为（如提供虚假材料、参与行贿），可能被认定为共同违法，面临行政处罚甚至刑事责任，需立即停止配合并主动补救。

4. 提前预防风险，完善合作机制

   • 在合作初期，通过尽职调查核实对方资质、信誉及过往项目记录，避免与有违法前科的企业合作；
     
   • 在合作协议中明确“违法获取项目”的违约情形、赔偿标准及解除合同条件，并约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）；
     
   • 定期监控项目进展，若发现对方有违法迹象（如突然变更关键人员、资金流向异常），及时发出书面警告并留存证据。

总结：面对合作方违法获取项目，需“证据先行+多路径维权+风险隔离”，既要通过行政、民事、刑事手段追究对方责任，也要防范自身因合作被牵连。具体操作需结合违法类型、证据充分性及合作协议条款综合判断，建议根据实际情况制定针对性方案。