如果合作公司存在违法行为，合作公司确实可能会受到牵连。具体分析如下：

1. 法律责任的连带性：

   • 在商业合作中，如果一方存在违法行为，如逃税、虚开增值税专用发票等，不仅该违法方会受到法律制裁，其合作公司也可能因业务关联而受到牵连。根据刑法相关规定，合作公司可能会面临触犯逃税罪、虚开增值税专用发票罪等风险。

2. 商誉影响：

   • 即使合作公司未直接参与违法行为，但一旦与违法公司有关联，其商誉也可能受到负面影响。这种影响可能导致客户流失、合作伙伴信任度下降，进而对公司的业务造成不利影响。

3. 经济处罚：

   • 在某些情况下，合作公司可能因违法公司的行为而遭受经济处罚，如被追缴税款、滞纳金，甚至可能面临罚款。这些经济处罚会对合作公司的财务状况造成直接冲击。

4. 合规风险：

   • 合作公司的合规风险也会因违法公司的行为而增加。监管机构可能会对合作公司进行更严格的审查，以确保其没有参与或默许违法公司的行为。这种审查可能会给合作公司带来额外的合规成本和压力。

5. 合作谨慎性：

   • 鉴于上述风险，合作公司在选择合作伙伴时应更加谨慎。应对潜在合作伙伴进行充分的尽职调查，确保其业务合规、信誉良好，以降低因合作而带来的法律风险。

综上所述，合作公司如果存在违法行为，其合作公司确实可能会受到牵连。因此，在商业合作中，合作公司应加强对合作伙伴的合规审查，确保自身业务的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。