事业单位工作人员因失职造成42万元损失，需根据具体情节承担相应责任，处理方式需结合内部管理规定、行政责任及刑事责任综合判断。以下分情况说明：

1. 内部追责与赔偿

• 责任认定：事业单位通常有内部管理制度（如《岗位责任制》《财务管理制度》等），若工作人员因故意或重大过失导致损失，单位可依据制度追究其行政责任（如警告、记过、降级、撤职、开除等处分）。
• 赔偿范围：根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。若失职行为与损失存在直接因果关系，单位可要求工作人员赔偿部分或全部损失（具体比例需结合过错程度、收入情况等协商或诉讼确定）。
• 程序要求：单位需通过内部调查、听证等程序确认责任，赔偿协议或决定应书面化，避免口头约定引发纠纷。

2. 行政责任（如涉及公职人员）

• 适用情形：若失职人员属于公务员或参照公务员管理的事业单位工作人员，根据《公务员法》《行政机关公务员处分条例》，单位可给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。
• 程序要求：处分需经调查取证、听取陈述申辩、作出决定并送达本人，处分决定需归入本人档案。

3. 刑事责任（如构成犯罪）

• 可能罪名：
  • 国有事业单位人员失职罪（《刑法》第168条）：若工作人员严重不负责任，致使国家利益遭受重大损失（通常指30万元以上），可处三年以下有期徒刑或拘役；致使国家利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑。
  • 贪污罪/挪用公款罪：若失职行为伴随侵占、挪用公款等行为，可能构成更严重的犯罪。
• 立案标准：42万元损失已达到“重大损失”标准，若存在严重不负责任情节（如违规操作、疏于监管等），公安机关可能立案侦查。

4. 处理建议

• 对单位：
  1. 立即启动内部调查，固定证据（如操作记录、审批流程、损失计算依据等）；
  2. 根据调查结果决定是否移送纪检监察机关或公安机关；
  3. 与失职人员协商赔偿，或通过民事诉讼追偿。
• 对失职人员：
  1. 主动配合调查，说明情况以争取从轻处理；
  2. 若对责任认定有异议，可申请复核或提起行政诉讼；
  3. 咨询律师评估刑事风险，必要时自首或配合退赃以减轻处罚。

提示：具体处理需结合失职行为性质、单位性质（如是否为国有）、损失原因等综合判断。如有进一步细节（如失职具体情形、单位类型等），可向我补充说明以便更精准分析。