在工厂被车撞了，应按照以下流程妥善处理以维护自身合法权益：

一、确保安全与紧急救治

1. 立即撤离：在确保自身安全的前提下，迅速转移到安全地带，避免二次伤害。
2. 紧急救治：第一时间拨打120急救电话，确保自身伤势得到及时救治。同时，保留好就医的相关凭证，如病历、诊断证明、发票等，这些材料对于后续的赔偿和工伤认定等程序至关重要。

二、保护现场与报警

1. 保护现场：如果条件允许，应尽量保护好事故现场，包括车辆位置、碰撞部位、车牌号码及道路状况等，避免现场被破坏，为后续调查提供证据。
2. 报警求助：拨打交通事故报警电话（如122），由警方到场进行事故勘察和调查，并出具交通事故责任认定书。这份认定书是后续处理的重要依据，明确了双方的责任比例。

三、报告公司与联系保险

1. 报告公司：尽快将事故情况告知所在工厂的负责人或相关部门，一般应在事故发生后的规定时间内（通常为24小时）进行口头报告，并按单位要求提交书面报告。
2. 保险公司报案：如果肇事车辆有保险，应及时向保险公司报案，以便进行后续的定损和理赔。同时，如果自身也购买了相关保险（如意外险），也应同步报案。

四、工伤认定与赔偿申请

1. 工伤认定：根据《工伤保险条例》等相关规定，单位应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若单位未按规定申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内直接提出申请。申请时需提交工伤认定申请表、劳动关系证明材料及医疗机构出具的受伤后诊断证明书等。
2. 赔偿申请：工伤认定通过后，根据劳动能力鉴定委员会的鉴定结论确定伤残等级，并按照《工伤保险条例》等相关法律法规享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用、康复费用、停工留薪期工资福利待遇等。如果因工伤导致残疾或死亡，还将享受相应的伤残或死亡待遇。

五、责任认定与协商赔偿

1. 责任认定：等待交警出具交通事故责任认定书，明确双方的责任比例。这是后续协商赔偿或法律诉讼的重要依据。
2. 协商赔偿：与肇事方（司机或其所属单位）进行协商，明确赔偿事宜。可尝试达成赔偿协议，但如果协商不成，可以向事故发生地或被告住所地的人民法院提起民事诉讼，要求对方承担相应赔偿责任。

六、法律途径与维权

1. 法律援助：在处理过程中，如有疑问可向劳动保障部门、法律援助机构或我这样的专业律师咨询，获取专业的法律意见和帮助。
2. 法律维权：如果对工伤认定结果有异议，或者与肇事方协商赔偿不成，可以通过法律途径进行维权，如向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张，包括交通事故责任认定书、医疗记录、工资证明等。

七、其他注意事项

1. 保管材料：妥善保管好与事故相关的所有材料，如医院的诊断证明、病历、检查报告、医疗费发票、交通费用票据、劳动合同、工资条等。这些材料对于后续的赔偿和工伤认定等程序至关重要。
2. 保持冷静：在整个处理过程中，保持理性和冷静，积极配合相关部门和人员的工作，通过合法途径维护自身的合法权益。

总结来说，在工厂被车撞了后，应立即确保安全与救治、保护现场与报警、报告公司与联系保险、进行工伤认定与赔偿申请、明确责任认定与协商赔偿，并在必要时通过法律途径维权。希望这些建议能帮助你妥善处理事故，维护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。