结论：在工伤与交通事故同等责任的情况下，若对方赔偿的医疗费不足，工伤保险基金通常会补足差额部分，但具体还需根据实际情况和当地政策来确定。

详细分析：

1. 工伤与交通事故的竞合处理原则：

   • 当工伤与交通事故发生竞合时，即员工在上下班途中或因工作原因受到交通事故伤害，且该伤害同时构成工伤和交通事故侵权时，员工有权同时享受工伤保险待遇和交通事故侵权赔偿。
   • 在这种情况下，医疗费的赔偿通常遵循“补足原则”，即如果交通事故侵权方赔偿的医疗费不足，工伤保险基金将补足差额部分。

2. 同等责任下的赔偿情况：

   • 在交通事故中，如果双方承担同等责任，那么医疗费的赔偿将按照责任比例进行分担。但这里的分担并不意味着工伤保险基金就不再承担责任。
   • 工伤保险基金的赔偿是基于工伤事实，与交通事故的责任划分无直接关系。只要员工被认定为工伤，且医疗费属于工伤保险赔偿范围，工伤保险基金就应承担相应的赔偿责任。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 及时申报工伤：员工在发生工伤后，应及时向用人单位报告，并由用人单位在规定时间内向社会保险行政部门申报工伤认定。
   • 保留医疗费用凭证：员工应妥善保留所有与工伤治疗相关的医疗费用凭证，以便在申请工伤保险赔偿时提供证明。
   • 了解当地政策：不同地区的工伤保险政策可能有所不同，员工应了解并遵循当地的政策规定。例如，有些地区可能规定工伤保险基金在赔偿医疗费时，会扣除交通事故侵权方已赔偿的部分。

4. 可能的法律后果：

   • 如果员工未及时申报工伤或未保留好医疗费用凭证，可能会影响工伤保险基金的赔偿。
   • 如果员工对工伤保险基金的赔偿有异议，可以通过法律途径进行维权，如申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：

• 在发生工伤与交通事故竞合的情况下，员工应首先确保及时申报工伤，并保留好所有与工伤治疗相关的医疗费用凭证。
• 如果对方赔偿的医疗费不足，员工可以向工伤保险基金申请补足差额部分。在申请过程中，应了解并遵循当地的政策规定。
• 如果对工伤保险基金的赔偿有异议或遇到其他法律问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。