针对您提出的“运输50万元卷烟怎么处罚”的问题，这主要取决于运输行为是否合法以及卷烟的真伪。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法运输卷烟的情况
如果您持有烟草专卖行政主管部门或其授权机构签发的准运证，并且运输的卷烟是合法来源的真品卷烟，那么您的运输行为是合法的，不会受到处罚。但请注意，即使合法运输，也有数量限制，个人携带卷烟通常限量为每人次1万支（50条），跨地（市）携带需办理携带证明，超出此限额可能需要额外的许可或证明。
二、非法运输真品卷烟的情况
行政处罚：
- 如果您无准运证运输卷烟，且运输的卷烟为真品，但涉案金额达到50万元，这通常会被视为情节严重的违法行为。
- 烟草专卖行政主管部门或其授权的机构将对您进行行政处罚，包括没收违法所得及非法运输的烟草专卖品，并可并处违法运输烟草专卖品价值10%至20%的罚款。
- 在某些情况下，您还可能被取消经营资格。
刑事责任：
- 如果您的非法运输行为构成非法经营罪（如非法经营数额达5万元以上，或违法所得数额达2万元以上，或曾因同类行为受过两次行政处罚后再次实施），您将面临刑事追责。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，构成非法经营罪时，处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；情节特别严重者，处五年以上有期徒刑并处罚金或没收财产。
三、非法运输假烟的情况
- 如果您运输的卷烟是假烟，且销售金额达到50万元，这将构成生产、销售伪劣产品罪，且属于销售金额五十万元以上不满二百万元的情形。
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百四十条，您将面临七年以上有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。
- 此外，如果您的行为还涉及未经许可运输烟草专卖品，且情节严重或特别严重，还可能构成非法经营罪，面临额外的刑事处罚。
四、建议与警示
- 核实货物合法性：在承接运输任务时，务必核实货物的合法性，确保所运输的卷烟是合法来源的真品，并持有必要的准运证。
- 加强法律意识：了解并遵守相关法律法规，特别是烟草专卖法和刑法的相关规定，避免因无知而违法。
- 风险防范：一旦发现货物问题或怀疑货物为假烟，应立即报警或举报，以避免自身陷入法律风险。
综上所述，运输50万元卷烟的处罚取决于运输行为的合法性以及卷烟的真伪。合法运输不会受到处罚，但非法运输真品卷烟可能面临行政处罚甚至刑事追责，而非法运输假烟则将面临更严厉的刑事处罚。因此，我强烈建议您在运输卷烟时务必遵守相关法律法规，确保合法合规。