结论：行政协议相对人分包工程项目后拒不给付工程款，这一纠纷的性质更倾向于民事案件，但具体还需结合行政协议的具体内容、双方权利义务的约定以及纠纷产生的具体原因等因素来综合判断。

分析说明：

1. 行政协议与民事合同的区分：

   • 行政协议，通常指的是行政机关与公民、法人或其他组织之间，为实现行政管理目标或公共服务，依照法定程序，协商一致而订立的协议。它具有一定的行政法属性，但同时也包含合同法的要素。
   • 民事合同，则是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。它主要受合同法的调整。

2. 分包工程项目拒付工程款的性质：

   • 如果行政协议中明确规定了分包工程项目的相关条款，包括工程款的支付方式、时间等，且纠纷的产生主要是由于工程款的支付问题，那么这一纠纷更可能被视为民事合同纠纷。因为此时，行政协议相对人（即分包方）与总包方或行政机关之间的权利义务关系，主要依据的是合同法的规定。
   • 然而，如果纠纷的产生与行政协议的履行、行政机关的监管职责等行政法相关的问题紧密相连，例如行政机关未按照协议约定履行监管职责导致分包方无法获得工程款，那么这一纠纷就可能涉及行政法的范畴，但即便如此，在大多数情况下，工程款的支付问题本身仍然属于民事纠纷。

3. 司法实践中的判断：

   • 在司法实践中，法院通常会根据纠纷的具体内容、双方的权利义务关系以及纠纷产生的原因等因素，来综合判断纠纷的性质。如果纠纷主要围绕工程款的支付问题展开，且双方的权利义务关系主要依据的是合同法的规定，那么法院更可能将其视为民事纠纷进行审理。

建议与行动：

• 收集证据：无论纠纷性质如何，收集相关证据都是至关重要的。这包括行政协议、分包合同、工程款支付凭证、沟通记录等，这些证据将有助于你证明自己的权益。
• 咨询专业律师：由于行政协议和民事合同的区分可能涉及复杂的法律问题，因此建议你咨询专业律师，特别是擅长建设工程和司法行政领域的律师。他们可以根据你的具体情况，为你提供更准确的法律意见和诉讼策略。
• 考虑诉讼或仲裁：如果协商无果，你可以考虑通过诉讼或仲裁的方式来解决纠纷。在选择诉讼或仲裁时，你需要考虑纠纷的性质、双方的约定以及相关法律法规的规定。

后续思考依据：

• 在判断纠纷性质时，除了考虑行政协议和民事合同的区分外，还需要关注纠纷产生的具体原因和双方的权利义务关系。
• 司法实践中的判断标准可能因地区和法院的不同而有所差异，因此建议你咨询当地的专业律师以获取更准确的法律意见。