核心结论：有土地使用证的违建，其土地使用权本身通常不受影响，但违建部分可能面临拆除、罚款等处理，且土地使用权可能因违建行为受到一定限制或影响后续利用。以下从不同角度详细说明：

1. 土地使用权的基本状态
   土地使用证是合法使用土地的凭证，只要该证书未被依法撤销或注销，土地使用权本身仍然有效。这意味着，即使土地上存在违建，土地使用权的归属和基本权利（如占有、使用、收益）在法律上仍受保护，但需注意，违建行为可能影响土地使用权的正常行使。

2. 违建的法律后果
   违建是指违反城乡规划、土地管理等相关法律法规建造的建筑物或构筑物。根据《城乡规划法》《土地管理法》等规定，违建可能面临以下处理：

   • 行政处罚：相关部门可责令限期拆除、没收违建部分或处以罚款（具体处罚方式因违建性质、情节轻重而异）。
     
   • 强制执行：若未在规定期限内自行拆除，行政机关可依法强制拆除，费用由违建者承担。
     
   • 影响土地利用：违建可能导致土地无法按规划用途使用（如无法办理房产证、抵押贷款等），甚至影响土地续期或转让。

3. 土地使用权与违建的关联处理

   • 若违建被拆除：土地使用权恢复至合法状态，但需注意拆除过程中可能对土地造成损害（如地面硬化破坏），需及时修复以符合土地使用条件。
     
   • 若违建被没收：没收部分建筑物可能涉及土地使用权的分割或调整，需根据具体政策或协商处理。
     
   • 若违建未被处理：虽土地使用权仍存在，但违建可能成为“历史遗留问题”，影响土地价值或后续开发利用（如拆迁补偿、合作开发等）。

4. 实务建议

   • 主动整改：若违建情节较轻（如未严重影响规划），可尝试申请补办手续或整改后保留建筑物，以减少损失。
     
   • 协商处理：与规划、城管等部门沟通，了解具体违建认定标准及处理方案，争取从轻处理。
     
   • 法律救济：若认为行政处罚违法或不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护合法权益。
     
   • 关注政策动态：部分地区对历史违建有“分类处置”政策（如罚款补证、临时使用等），可及时了解并申请适用。

总结：有土地使用证的违建，土地使用权本身通常不受剥夺，但违建行为需承担法律责任，并可能影响土地的实际利用。建议根据违建性质、当地政策及自身需求，综合选择整改、协商或法律途径处理。如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。