针对您提出的“有土地使用许可的违建怎么处理”的问题，我们可以从以下几个方面来详细解答：

首先，需要明确的是，即使拥有土地使用许可，如果建筑物在建设过程中违反了《中华人民共和国城乡规划法》或相关地方规划法规，仍然可能被认定为违建。处理这类违建问题，通常遵循以下步骤：

一、查明违建情况

相关部门，如自然资源主管部门或城乡规划主管部门，会对涉嫌违建的地块进行深入调查。这包括确认建筑物的具体位置、面积、用途、建设时间等详细信息，并核实其是否违反了城乡规划。这一步骤是后续处理的基础。

二、评估与决策

在查明违建情况后，相关部门会评估违建的严重程度和对城乡规划的影响。对于部分虽然违反规划但可以通过调整布局、补办手续等方式改正的违建，可能会给予限期改正的机会。

三、责令改正与罚款

如果违建可以通过调整或补办手续来纠正，相关部门会责令违建者在规定时间内完成改正。同时，根据违法情节的轻重，违建者可能需要支付一定比例的罚款，罚款数额通常基于建设工程造价来确定。

四、限期拆除与没收

对于严重违反城乡规划，无法通过调整或补办手续来纠正的违建，相关部门将责令违建者在规定期限内自行拆除。如果逾期未拆除，行政机关有权依法实施强制拆除，并由违建者承担相关费用。在某些情况下，如果违建建筑物符合土地利用总体规划，但属于非法建设，行政机关也可能选择没收建筑物，并用于公共事业等目的。

五、申诉与整改

违建者收到处罚或整改通知后，有权在规定时间内进行申诉或提出异议。同时，也应积极配合执法部门的调查与处理工作，按要求进行整改，以减轻可能的法律负担。

六、预防与建议

为避免未来再次陷入类似的困境，建议在建设前充分了解并严格遵守相关的城乡规划法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以咨询专业律师或相关部门，以确保建设活动的合法合规性。

综上所述，处理有土地使用许可的违建问题，需要综合考虑多个因素，并严格按照相关法律法规和程序进行。同时，公众也应增强法律意识，主动遵守规划要求，共同维护城乡建设的良好秩序。