结论：法院判了收入合法，并不意味着公司不能就职务犯罪提起诉讼或指控。这两者并不互斥，具体能否告职务犯罪需根据实际情况和法律规定来判断。

分析说明：

1. 法院判决收入合法的含义：

   • 法院判决收入合法，通常意味着在特定的法律程序中，法院对收入的来源、性质等进行了审查，并认定其符合法律规定，不构成非法所得。

2. 职务犯罪的定义与构成：

   • 职务犯罪是指国家机关、国有公司、企业事业单位、人民团体工作人员利用已有职权，贪污、贿赂、徇私舞弊、滥用职权、玩忽职守，侵犯公民人身权利、民主权利，破坏国家对公务活动的规章规范，依照刑法应当予以刑事处罚的犯罪。
   • 职务犯罪的构成并不完全取决于收入的合法性，而是取决于行为人是否利用了职务上的便利，是否实施了犯罪行为，以及这些行为是否符合职务犯罪的构成要件。

3. 法院判决收入合法与公司告职务犯罪的关系：

   • 法院判决收入合法，并不排除行为人同时存在职务犯罪的可能性。例如，一个人可能通过合法手段获得收入，但同时利用职务之便进行贪污、受贿等犯罪行为。
   • 公司作为受害方或相关方，如果发现员工存在职务犯罪行为，仍然有权向司法机关报案或提起诉讼，要求追究行为人的刑事责任。

4. 公司告职务犯罪的法律依据与程序：

   • 公司告职务犯罪，通常需要依据《中华人民共和国刑法》等相关法律规定，收集证据，证明行为人存在职务犯罪行为。
   • 公司可以向公安机关报案，由公安机关进行侦查，收集证据，然后移送检察机关审查起诉。检察机关认为符合起诉条件的，会向法院提起公诉。

行动建议：

• 如果公司怀疑员工存在职务犯罪行为，应及时收集证据，并向公安机关报案。
• 在报案前，公司可以咨询专业律师，了解职务犯罪的构成要件、证据收集方法等，以便更好地维护自身权益。
• 如果公司已经收到法院关于收入合法的判决，但仍然怀疑员工存在职务犯罪行为，不应因此放弃追究，而应继续收集证据，依法维权。

法律后果：

• 如果员工确实存在职务犯罪行为，且被司法机关认定，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
• 公司作为受害方，有权要求行为人赔偿因其犯罪行为造成的损失。