店员擅自拿店里的药属于违法行为，具体处理方式需根据情节严重程度及药品性质来判定，可能涉及民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。以下从不同角度展开分析：

1. 民事责任角度
   店员擅自拿药的行为首先构成对店铺财产权的侵害。根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。店铺可要求店员：

   • 返还药品（若药品未被使用或损坏）；
     
   • 赔偿药品价值及因侵权导致的直接损失（如因缺货导致的营业损失）；
     
   • 若药品已使用且无法返还，需按市场价全额赔偿。
     示例：店员拿走价值500元的药品，店铺可要求其支付500元及因缺货少赚的200元利润。

2. 行政责任角度
   若药品属于特殊管理类别（如麻醉药品、精神药品），或店员通过伪造单据、偷配钥匙等手段实施盗窃，可能违反《治安管理处罚法》第49条，面临：

   • 5-15日拘留；
     
   • 500-1000元罚款。
     关键点：需证明店员存在“故意”和“非法占有目的”，若因工作疏忽误拿，一般不构成行政违法。

3. 刑事责任角度
   若满足以下条件，可能构成《刑法》第264条的盗窃罪：

   • 药品价值达到当地盗窃犯罪立案标准（通常为1000-3000元，各省不同）；
     
   • 店员存在秘密窃取行为（如趁无人时拿走）；
     
   • 具有非法占有目的（如转卖、自用且拒不归还）。
     量刑标准：
     
   • 数额较大（3万元以下）：3年以下有期徒刑、拘役或管制；
     
   • 数额巨大（3万-30万元）：3-10年有期徒刑；
     
   • 数额特别巨大（30万元以上）：10年以上有期徒刑或无期徒刑。
     特殊情形：若店员是药店管理人员，利用职务便利拿药，可能构成职务侵占罪（《刑法》第271条），立案标准为6万元以上。

处理建议：

1. 立即固定证据：调取监控录像、核对药品库存记录、保存店员承认行为的书面/录音证据；
   
2. 根据药品价值选择处理方式：
   
   • 价值较低：要求店员赔偿并签订书面和解协议，避免后续纠纷；
     
   • 价值较高或涉及特殊药品：报警并提交证据，由公安机关立案侦查；
     
3. 若店员拒不配合，可向法院提起民事诉讼或刑事自诉（盗窃罪可自诉）。
   

提示：若药品涉及医保报销、精神类药品等特殊管理领域，还需向药监部门报告，可能面临行政处罚（如吊销药店经营许可证）。具体操作可进一步向我咨询细节。