事实合同关系与合法合同关系在工程款判决上的主要区别在于合同成立与生效的法律依据不同，进而影响工程款的支付责任认定及判决结果。以下从不同角度详细分析：

1. 合同成立与生效的法律依据

• 合法合同关系：依据《民法典》及相关法律法规，合法合同需满足双方意思表示真实、内容合法、形式合规（如建设工程合同需书面形式）等条件。合同成立后即生效（除非另有约定或法定情形），双方需按约定履行义务，包括支付工程款。
• 事实合同关系：指双方虽未签订书面合同，但通过实际行为（如施工、付款等）形成合同关系。其成立依据是《民法典》中关于“事实合同”或“默示合同”的原则，即通过行为推定双方存在合意。事实合同关系在建设工程领域常见于无书面合同但已实际施工的情形。

2. 工程款判决的核心差异

• 合法合同关系：
  • 支付责任明确：法院通常直接依据合同条款判决工程款支付，包括工程量、单价、付款时间等。
  • 举证责任较轻：原告（如承包方）只需证明合同存在及履行情况（如施工记录、验收报告等），被告（如发包方）若主张抗辩（如质量问题），需承担举证责任。
  • 违约金与利息：若合同约定违约金或逾期付款利息，法院一般予以支持。
• 事实合同关系：
  • 支付责任需推定：法院需通过实际行为（如施工进度、付款记录、双方沟通记录等）推定合同内容（如工程量、单价等），判决依据可能包括行业惯例、市场价格等。
  • 举证责任较重：原告需证明双方存在事实合同关系及具体履行情况，证据需形成完整链条（如施工日志、材料采购单、证人证言等）。
  • 违约金与利息支持受限：因合同未明确约定，法院可能不支持违约金，利息计算也可能按法定标准（如LPR）而非合同约定。

3. 典型案例与法律后果

• 合法合同案例：若合同明确约定“工程竣工后30日内支付95%工程款”，法院将直接按此条款判决，发包方逾期未付需承担违约金及利息。
• 事实合同案例：若双方无书面合同，但承包方已实际施工并交付，法院可能根据实际工程量、市场单价等判决发包方支付工程款，但违约金主张可能被驳回。

4. 实务建议

• 对承包方：
  • 优先签订书面合同，明确工程量、单价、付款时间等关键条款。
  • 若未签订书面合同，务必保留施工记录、付款凭证、沟通记录等证据，以证明事实合同关系。
• 对发包方：
  • 避免未签合同即允许施工，否则可能面临支付工程款及利息的风险。
  • 若对工程质量有异议，需及时提出并留存证据（如验收报告、整改通知等）。

总结：合法合同关系下，工程款判决依据明确、举证责任较轻；事实合同关系下，法院需通过行为推定合同内容，举证责任较重且违约金支持受限。建议双方在建设工程中优先签订书面合同，以降低法律风险。如有具体案件或证据问题，可直接向我咨询。