施工单位使用假发票申报工程款属于违法行为，需承担行政责任甚至刑事责任，同时可能面临合同违约赔偿和信用惩戒。具体处理方式如下：

一、行政责任：税务机关的处罚

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，施工单位使用假发票的，由税务机关责令改正，可处1万元以上5万元以下罚款；若违法所得超过5万元，处违法所得1倍以上5倍以下罚款；情节严重的，税务机关可收缴发票、停止向其发售发票。

关键点：

1. 处罚对象是“使用假发票的单位”，即施工单位；
   
2. 罚款金额与违法所得挂钩，违法成本可能极高；
   
3. 税务机关可联合住建部门对施工单位进行联合惩戒（如限制投标）。

二、刑事责任：构成犯罪的依法追责

若施工单位使用假发票的金额达到50万元以上，或造成国家税款损失25万元以上，可能触犯《刑法》第二百零五条之一（虚开发票罪），处2年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节特别严重的，处2年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。

关键点：

1. 刑事立案标准为“金额50万元”或“税款损失25万元”，实践中以税务机关认定的金额为准；
   
2. 即使未达到刑事标准，若存在“伪造发票”行为，可能构成《刑法》第二百八十条的“伪造国家机关公文罪”，处罚更重。

三、合同责任：建设单位可主张违约赔偿

若施工合同中明确约定“发票必须真实合法”，施工单位使用假发票属于根本违约，建设单位可依据《民法典》第五百七十七条要求：

1. 解除合同并要求返还已支付的工程款；
   
2. 赔偿因假发票导致的损失（如无法抵扣税款的损失、行政罚款的连带责任等）；
   
3. 要求施工单位重新开具合法发票，否则可拒绝支付剩余款项。

关键点：

1. 合同中需有“发票真实性”的明确约定，否则建设单位主张违约赔偿的难度较大；
   
2. 若建设单位已支付工程款，可要求施工单位开具等额合法发票，否则可向法院起诉要求履行。

四、信用惩戒：行业黑名单与联合惩戒

根据《建筑市场信用管理暂行办法》，施工单位使用假发票属于“严重失信行为”，可能被列入建筑市场主体“黑名单”，面临：

1. 限制参与政府投资项目投标；
   
2. 取消评优评先资格；
   
3. 金融机构提高贷款利率或拒绝贷款；
   
4. 住建部门重点监管，增加检查频次。

建议：

1. 施工单位应立即停止使用假发票，主动向税务机关坦白并补缴税款，争取从轻处理；
   
2. 建设单位发现假发票后，应第一时间固定证据（如发票复印件、付款记录等），并向税务机关举报；
   
3. 双方可协商通过“补开发票+赔偿损失”的方式解决，避免诉讼成本。

若您是施工单位或建设单位，涉及假发票的具体处理（如证据固定、赔偿计算、行政申诉等），可直接向我咨询，我会结合案件细节提供详细方案。