使用假发票结算工程款是一种严重的违法行为，不仅违反了财务和税收法规，还可能触及刑事责任。针对这一问题，处理方式如下：

1. 立即停止使用假发票：一旦发现使用了假发票，应立即停止该行为，并主动向相关部门报告，配合调查。

2. 承担法律责任：

   • 行政责任：根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法规，使用假发票的单位或个人可能会面临罚款、没收违法所得、停止使用发票等行政处罚。
   • 刑事责任：如果行为构成犯罪，如虚开发票罪、逃税罪等，还可能被追究刑事责任，面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。

3. 补缴税款及滞纳金：如果因使用假发票导致税款少缴或未缴，需要依法补缴税款及相应的滞纳金。

4. 整改与规范：在接受处罚后，应加强对财务管理和发票使用的规范，确保今后不再发生类似问题。可以建立严格的发票审核制度，加强对员工的财务培训，提高法律意识。

5. 挽回损失：如果因使用假发票给工程款支付方或相关方造成了损失，应积极协商赔偿事宜，以减轻法律后果。

综上所述，使用假发票结算工程款是一项严重的违法行为，需要立即停止并主动承担责任。如果你或你的企业面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解法律后果并寻求合适的解决方案。