未办过用地手续，在国土变更调查时调查为建设用地，并不自动合法。以下从多个角度进行分析：
法律程序角度：
- 根据我国相关法律法规，土地用途的变更，特别是从农用地转为建设用地，必须经过严格的审批程序。这包括向相关部门提交申请、经过规划审查、环境评估等多个环节，并最终获得政府的批准文件。
- 国土变更调查只是对土地现状的一种调查和记录，它并不能替代或等同于法律上的审批程序。因此，即使土地在国土变更调查中被记录为建设用地，如果没有经过合法的审批程序，这种变更仍然是不合法的。
土地权利角度：
- 土地权利的取得和变更必须遵循法律规定。未办过用地手续而擅自改变土地用途，可能构成对土地权利的侵犯，特别是如果这块土地原本属于集体所有或国家所有，未经许可擅自使用可能面临法律责任。
- 即使土地在事实上已经被用作建设用地，但如果没有合法的用地手续，土地使用者仍然无法获得合法的土地权利证书，这将对土地的使用、转让、抵押等产生不利影响。
法律后果角度：
- 对于未办过用地手续而擅自改变土地用途的行为，政府有权责令停止违法行为、恢复土地原状，并可能处以罚款等行政处罚。
- 在极端情况下，如果这种行为构成了犯罪（如非法占用农用地罪），土地使用者还可能面临刑事责任的追究。
建议：
- 如果您或他人遇到了类似情况，建议立即停止违法行为，并尽快向相关部门咨询并补办用地手续。
- 在补办用地手续的过程中，应积极配合政府部门的调查和审查工作，提供必要的资料和证明文件。
- 如果对用地手续的办理流程或相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。