在分公司签订的合同引发的仲裁案件中，是否可以将总公司列为被申请人，需根据具体情况分析，具体如下：

1. 分公司具有独立诉讼主体资格时：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担”。尽管分公司不具有法人资格，但若其依法设立并领取营业执照，则具有独立的诉讼主体资格，可以以自己的名义参与仲裁或诉讼。
   • 在此情况下，若合同由分公司签订并履行，且纠纷仅涉及分公司行为，原则上应将分公司列为被申请人。然而，若分公司财产不足以清偿债务，根据法律规定，总公司需承担补充清偿责任。在仲裁程序中，若申请人有充分理由认为总公司与案件处理结果存在法律上的利害关系，或为确保裁决执行，可依据《中华人民共和国仲裁法》及相关仲裁规则，申请追加总公司为共同被申请人或第三人（具体取决于仲裁规则是否允许追加第三人）。但需注意，仲裁程序对追加当事人的规定可能较诉讼更为严格，需严格遵循仲裁规则。

2. 分公司不具有独立诉讼主体资格时：

   • 若分公司未依法设立或未领取营业执照，则不具有独立的诉讼主体资格。此时，与分公司签订的合同，其权利义务应直接由总公司承担，仲裁程序中应直接将总公司列为被申请人。

3. 特殊情形下的考虑：

   • 合同相对性原则：仲裁程序中，原则上应遵循合同相对性原则，即合同纠纷应由合同当事人解决。若分公司行为构成表见代理（如分公司以总公司名义签订合同，且相对方有理由相信其有代理权），则总公司可能需承担合同责任。此时，申请人可依据表见代理规则，将总公司列为被申请人。
   • 仲裁协议效力：若合同中明确约定仲裁条款，且仲裁条款合法有效，则仲裁机构对纠纷具有管辖权。在追加当事人时，需确保仲裁协议对新增当事人具有约束力，或新增当事人明确表示接受仲裁管辖。

法律建议：

• 在仲裁程序中申请追加总公司为被申请人前，应充分评估分公司财产状况、总公司与案件的法律关系及仲裁规则对追加当事人的规定。
• 若分公司财产不足以清偿债务，或总公司与案件处理结果存在法律上的利害关系，建议及时申请追加总公司为共同被申请人或第三人（若仲裁规则允许）。
• 在准备仲裁申请时，应收集并整理相关证据，以证明总公司与案件的关联性及应承担的责任。

可能后果：

• 若成功追加总公司为被申请人，则仲裁裁决将对总公司具有约束力，总公司需承担相应的法律责任。
• 若未能追加总公司为被申请人，且分公司财产不足以清偿债务，则申请人可能需通过另行起诉总公司等方式寻求救济。

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