占用房顶种菜是否违法，需结合房顶的产权归属、使用性质及相关法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、房顶产权归属与使用性质
共有部分：
- 若房顶属于建筑物共有部分（如小区楼顶），其使用权归全体业主共有。根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条，业主对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。因此，未经全体业主或业主大会同意，擅自改变房顶用途进行种菜，通常构成违法。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第二百七十一条、第二百七十四条；《物业管理条例》第四十九条、第五十条。
专有部分：
- 若房顶属于某一业主的专有部分（如独栋别墅的房顶），且该业主拥有合法的产权证明，那么该业主在不影响建筑物安全、不侵犯其他业主权益的前提下，有权自主决定房顶的使用方式，包括种菜。但仍需遵守当地关于建筑物外观、绿化等方面的规定。
二、违法行为的具体情形
违反物业管理规定：
- 即使房顶属于专有部分，若物业管理规定中明确禁止在房顶种菜，业主仍需遵守。否则，物业管理公司有权制止并要求恢复原状。
- 法律依据：《物业管理条例》第四十九条、第五十条。
侵犯其他业主权益：
- 若种菜行为影响其他业主正常使用或生活（如异味、蚊虫、漏水等问题），则侵犯了他们的合法权益，可能引发相邻权纠纷。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第二百八十八条（不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系）。
安全隐患：
- 种菜过程中的地面改造（如挖土、堆放重物）若操作不当，可能破坏房顶防水层、承重结构等，对建筑物安全构成威胁。根据相关法律法规，业主应遵守规定使用建筑物，不得危及安全。否则，需承担相应责任。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第二百七十二条（业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益）。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 对于违反规定在房顶种菜的行为，物业管理公司或业主委员会有权制止并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 若违规业主拒不改正，物业管理公司或业主委员会可向相关部门投诉或提起诉讼以维护全体业主的合法权益。
建议：
- 在种菜前，务必确认房顶的产权归属和使用性质。若属于共有部分，需征得全体业主或业主大会的同意；若属于专有部分，也需遵守物业管理规定和当地法律法规。
- 在种植过程中，注意保护建筑物安全和环境卫生。避免进行可能破坏防水层、承重结构等危险行为，及时清理种植产生的垃圾和杂物。
- 若与其他业主发生纠纷，应积极沟通协商解决。必要时可寻求物业管理公司、业主委员会或相关部门的帮助和调解。
总结：占用房顶种菜是否违法，取决于房顶的产权归属、使用性质以及是否遵守相关法律法规和物业管理规定。在大多数情况下，未经全体业主或业主大会同意擅自在共有房顶种菜是违法的。建议业主在使用房顶时严格遵守相关法律法规和物业管理规定，共同维护和谐美好的居住环境。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。