当建设单位发现存在违法分包的情况时，应当采取一系列严谨且全面的措施来处理，以确保建筑市场的秩序和工程质量的安全。以下是一个详细的处理流程：
一、初步核实与立案
线索发现与初步核实：
- 建设单位或相关监管机构（如住房和城乡建设主管部门）通过群众举报、日常巡查、专项检查或工程质量安全事故调查等途径，发现可能存在的违法分包线索。
- 对线索进行初步核实，收集工程相关合同文件、人员信息、施工记录等初步证据，判断是否存在违法分包事实，并确定是否达到立案标准。
立案审批：
- 若初步核实确认存在违法分包行为且需要给予行政处罚，办案人员需填写立案审批表，详细说明案件来源、违法事实、法律依据等，报本机关负责人审批立案。
二、全面调查取证
成立调查组：
- 立案后，指定两名以上具有执法资格的执法人员组成调查组，对违法分包行为进行全面调查。
调查措施：
- 询问当事人：依法对建设单位相关负责人、项目管理人员等进行询问，制作询问笔录。
- 查阅资料：查阅与工程相关的各类文件资料，包括工程承包合同、分包合同、招投标文件等。
- 现场检查：对施工现场进行实地检查，核实实际施工情况与合同约定是否相符。
- 收集其他证据：如视听资料、证人证言等，确保证据的合法性、真实性和关联性。
证据审查：
- 调查组对收集到的证据进行整理和审查，确保证据充分、确凿，能够证明违法分包行为。
三、告知与听证（如适用）
提出处罚建议：
- 调查组根据查明的违法事实和相关法律法规，提出行政处罚建议，并撰写案件调查终结报告。
法制审核：
- 法制工作机构对案件进行法制审核，主要审查案件的管辖权、违法事实认定、证据的合法性与充分性、法律适用等方面。
告知权利：
- 监管部门制作行政处罚告知书，告知建设单位拟作出行政处罚的事实、理由、依据以及其享有的陈述、申辩权利。对于较大数额罚款等重大行政处罚，还应告知听证权利。
听证阶段（如要求）：
- 若建设单位在规定时间内提出听证申请，监管部门应按照法定程序组织听证，双方就违法事实、证据和行政处罚建议进行陈述、申辩和质证。听证结束后，根据听证报告决定是否采纳听证意见。
四、作出处罚决定
集体讨论（重大复杂案件）：
- 对于情节复杂或重大违法行为，行政机关负责人应集体讨论决定。
作出决定：
- 监管部门根据调查结果、法制审核意见和听证情况（如适用），依法作出行政处罚决定，并制作行政处罚决定书。处罚措施可能包括责令改正、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。
决定送达：
- 行政处罚决定书应按照法律规定的方式及时送达给建设单位。
五、执行与监督
履行处罚决定：
- 建设单位应按照行政处罚决定书的规定内容和期限履行处罚决定，如缴纳罚款、停止违法行为等。
监督执行：
- 监管部门对建设单位履行处罚决定的情况进行监督检查，逾期不履行者可依法采取加处罚款、申请人民法院强制执行等措施。
六、结案与法律保障
- 当建设单位履行完行政处罚决定或强制执行完毕后，案件结案。同时，建设单位有权对行政处罚决定提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等救济措施。执法人员在调查取证过程中应严格遵循法定程序，确保执法的公正性和合法性。
综上所述，建设单位在发现违法分包情况时，应积极配合相关监管机构的调查和处理工作，严格按照法律程序进行操作，以确保建筑市场的秩序和工程质量的安全。