在员工因违纪主动离职的情况下，双方通常需要签署以下协议和文件，以确保双方权益得到妥善保护：

1. 离职申请书

   • 内容：员工应明确写出离职原因（如违纪）、预计离职日期以及工作交接安排等。
   • 作用：此文件表明员工是主动离职，公司无需承担因员工主动离职而产生的赔偿或补偿责任。同时，它也是后续离职流程的基础文件。

2. 解除劳动合同协议书

   • 内容：双方应协商确定离职日期、经济补偿（如有，但违纪离职通常无补偿）、工作交接等具体事项，并明确双方的权利和义务。
   • 作用：此协议是双方就离职事宜达成一致的重要文件，有助于减少纠纷的发生。在签订时，应确保内容全面、条款清晰，并符合法律法规的规定。

3. 保密协议（如适用）

   • 内容：如果员工在任职期间接触了公司的商业秘密，双方应签订保密协议，详细界定保密信息的范围、保密期限、保密义务人的责任和义务，以及违约责任等。
   • 作用：保护公司的商业秘密，防止信息泄露，维护公司利益。即使员工是违纪离职，也不影响保密协议的效力。

4. 竞业限制协议（如适用）

   • 内容：对于高级管理人员、技术人员等负有保密义务的人员，双方可以签订竞业限制协议，明确竞业限制的范围、期限、经济补偿标准和支付方式，以及违约责任等。
   • 作用：约束员工离职后的行为，防止其利用在原单位获取的信息和资源从事竞争业务，损害原单位利益。但需注意，竞业限制协议的签订和执行需严格遵守法律法规的规定。

5. 离职证明

   • 内容：公司应为员工出具离职证明，包含员工的离职日期、离职原因（可简要描述为“因个人原因离职”或“因违纪离职”，但需确保不侵犯员工隐私或名誉权）、离职手续等信息。
   • 作用：证明员工与前雇主的劳动关系已解除，便于员工寻找新工作或处理相关事务。离职证明应真实、准确、完整，避免给员工带来不必要的麻烦。

6. 无劳动纠纷承诺书（谨慎使用）

   • 内容：员工可以承诺离职后不与公司产生劳动纠纷，但此承诺书的使用应谨慎。因为该承诺书可能涉及员工的合法权益放弃问题，如果内容不当或签订过程存在瑕疵，可能会引发新的纠纷。
   • 作用：在一定程度上降低公司的法律风险，但并非必需文件。如果公司决定使用此承诺书，应确保其内容合法、合理，并遵循自愿、公平、诚实信用的原则。

法律建议：

• 在签订任何协议或文件前，双方应充分沟通并理解协议内容，确保协议是双方真实意思的表示。
• 对于涉及员工权益的条款（如经济补偿、保密义务、竞业限制等），公司应确保条款的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
• 员工在签署协议前应仔细阅读协议内容，如有疑问或不明之处应及时向公司咨询或寻求法律帮助。
• 双方应保留好签署的协议和文件原件或复印件，以备后续需要时使用。

可能后果：

• 如果双方未签署必要的协议或文件，可能会导致离职流程不规范、权益保护不到位等问题，进而引发劳动纠纷。
• 如果签署的协议或文件内容存在瑕疵或违法之处，可能会被认定为无效或部分无效，从而无法达到预期的法律效果。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。