结论：非基本农田上建设室内水产养殖场是否违法，需结合土地性质、规划用途及审批手续综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 土地性质与规划用途的合法性判断

• 若土地为建设用地（如宅基地、集体经营性建设用地）：
  根据《土地管理法》第四条，建设用地可用于工矿、仓储、商业等用途。若室内水产养殖场属于农业设施或乡村产业项目（如休闲渔业、科研养殖），且符合当地土地利用总体规划和村庄规划，通常可依法办理用地手续后建设。
  示例：某村集体将闲置的集体经营性建设用地出租给企业建设水产养殖实验室，经县级自然资源部门备案后，属于合法用地。

• 若土地为农用地（非基本农田）：
  根据《土地管理法》第四十四条，农用地转为建设用地需办理审批手续。若直接在农用地上建设养殖场（即使非基本农田），可能涉及“非农化”问题，需区分以下情形：

  • 设施农业用地：根据自然资源部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》，养殖设施用地属于设施农业用地，可占用一般耕地，但需签订用地协议并备案，无需办理建设用地审批手续。
    
  • 非设施农业用途：若养殖场包含加工、仓储等非农业功能，或永久性占用耕地建设硬化地面、房屋等，需依法办理农用地转用审批手续，否则可能构成违法用地。

2. 审批手续的合规性要求

• 设施农业用地备案：
  需向乡镇政府提出申请，由乡镇政府组织自然资源、农业农村部门现场踏勘，签订用地协议后报县级自然资源部门备案。备案材料通常包括：

  • 用地协议（明确土地用途、期限、复垦要求等）；
    
  • 土地利用现状图（标明用地位置）；
    
  • 项目规划图（养殖场布局、环保措施等）。
    注意：备案不等于审批，若未备案擅自建设，可能面临责令整改或罚款。

• 建设用地审批：
  若需占用农用地或未利用地建设非设施农业项目，需向县级自然资源部门申请农用地转用审批，经省级政府或国务院批准后，方可办理供地手续。未经批准擅自建设的，可能被认定为非法占地，面临拆除、罚款甚至刑事责任。

3. 环保与产业政策的限制

• 环保要求：
  根据《水污染防治法》《畜禽规模养殖污染防治条例》，水产养殖场需配套建设尾水处理设施，确保达标排放。若未通过环评审批或未落实环保措施，可能被责令停产整顿。
  示例：某养殖场因尾水直排被生态环境部门罚款10万元，并限期整改。

• 产业政策：
  部分地区对水产养殖有规模、技术或区域限制（如禁养区、限养区）。若在禁养区内建设养殖场，即使土地合法，也可能因违反产业政策被要求搬迁或关闭。

4. 法律后果与风险防范

• 违法用地后果：

  • 行政处罚：责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（按非法占用土地面积计算，每平方米100-1000元）；
    
  • 刑事责任：若非法占用耕地数量较大（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），可能构成非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役。

• 风险防范建议：

  • 提前查询土地性质（通过当地自然资源部门或“国土调查云”APP）；
    
  • 确认土地规划用途（查阅乡镇土地利用总体规划图）；
    
  • 依法办理用地和环保手续，保留书面材料；
    
  • 避免在禁养区、生态保护红线等敏感区域建设。

总结：非基本农田上建设室内水产养殖场是否违法，需以土地性质为核心，结合规划用途、审批手续及环保要求综合判断。建议操作前咨询当地自然资源、农业农村部门，确保合规性。如有具体案例或土地信息，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性建议。