监理费最终支付金额比合同金额高出40%，通常需要重新履行合同变更程序，具体包括协商一致、签订补充协议、履行内部审批流程（如需）、备案或通知相关方（视合同或法规要求而定）等步骤。以下从不同角度详细分析：

一、合同法律角度

1. 合同变更原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。因此，监理费金额的变更首先需要合同双方（即建设单位和监理单位）协商一致。
2. 补充协议签订：协商一致后，双方应签订书面补充协议，明确变更后的监理费金额、支付方式、支付时间等关键条款。补充协议是原合同的组成部分，具有同等法律效力。
3. 内部审批流程：如果合同双方中有一方或双方是国有企业、上市公司等需要履行内部审批流程的主体，那么在签订补充协议前，还需要按照内部规定完成相应的审批程序。

二、行业管理角度

1. 备案或通知要求：某些地区或行业可能要求监理合同的变更需要进行备案或通知相关管理部门。因此，在签订补充协议后，双方应了解并遵守当地或行业的相关规定，确保合同变更的合法性和有效性。
2. 行业规范遵循：监理行业有其特定的规范和标准，双方在变更监理费金额时，应确保变更后的费用符合行业规范，避免因费用问题引发纠纷或影响监理工作的质量。

三、实际操作建议

1. 及时沟通协商：一旦发现监理费金额需要变更，双方应及时沟通协商，明确变更的原因、金额和支付方式等关键问题。
2. 保留相关证据：在协商和签订补充协议的过程中，双方应保留好相关证据，如会议纪要、邮件往来、书面协议等，以备不时之需。
3. 关注支付时间：在补充协议中，应明确变更后的监理费的支付时间，确保双方权益得到保障。
4. 寻求专业支持：如果双方在协商过程中遇到法律难题或争议，可以寻求专业律师或法律机构的支持，以确保合同变更的合法性和有效性。