结论：是否扣全勤奖需结合劳动合同、公司规章制度及当地劳动法规综合判断，但“月休两天0元全勤奖”的设定本身可能存在违法风险，具体分析如下：

1. 从劳动合同和公司制度角度分析

• 若劳动合同或公司规章制度中明确约定“月休两天，全勤奖为0元，休息一天即扣除全勤奖”，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），则公司可能依据内部规定扣除全勤奖。
• 但需注意：若制度中未明确“休息一天即扣全勤奖”的具体规则（如是否区分事假、病假、调休等），或未提前告知员工，公司可能因程序瑕疵或条款模糊而面临争议。

2. 从劳动法规角度分析

• 法定休息日权益：根据《劳动法》第38条，用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。若公司“月休两天”的安排已低于法定标准（如员工实际工作天数超过法定周工作时间），则该制度本身违法，扣除全勤奖的条款可能被认定为无效。
• 全勤奖的合法性：全勤奖属于用人单位自主设立的奖励制度，但不得违反法律强制性规定。若公司以“休息一天”为由完全剥夺全勤奖，而员工休息日符合法律规定（如调休、年休假等），则扣除行为可能涉嫌克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第38条主张权益。

3. 实务建议

• 对员工：
  1. 检查劳动合同和公司制度中关于“月休”和“全勤奖”的具体条款；
  2. 若公司扣除全勤奖的依据不足或违反法律，可先与公司协商，协商不成可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  3. 保留考勤记录、工资条等证据，以备维权之需。
• 对公司：
  1. 确保“月休”安排符合《劳动法》关于工作时间和休息休假的规定；
  2. 制定全勤奖制度时，明确扣除条件（如区分请假类型、提前告知等），并通过民主程序公示；
  3. 避免以“0元全勤奖”等极端方式设计奖励，以免引发劳动纠纷。

总结：公司能否扣除全勤奖需结合具体条款和法律规定判断，但“月休两天0元全勤奖”的设定可能因违反法定休息日权益或克扣工资而无效。若您遇到此类问题，可进一步提供劳动合同、公司制度等细节，我将为您详细分析。